结论：自建房超出审批面积时，不能仅对合法面积部分单独办理产权登记，需对整体建筑进行合法性处理后，方可办理产权登记。

1. 超出审批面积部分的法律性质
   根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按许可证内容建设的建筑，属于违法建设。超出审批面积的部分，本质上属于违法建设范畴，无法单独被认定为合法建筑。因此，产权登记部门通常不会对“合法面积”与“违法面积”进行拆分登记。

2. 整体合法性处理路径
   若希望将房屋整体合法化，需按以下步骤处理：

   • 补办规划手续：向当地规划部门申请补办超建部分的规划许可，需提交符合规划要求的施工图纸、邻里同意书等材料。若超建部分符合规划调整条件（如退界、层高、容积率等），可能获批；若不符合，则需拆除或整改。
     
   • 缴纳罚款：根据《城乡规划法》第六十四条，对无法采取改正措施消除影响的违法建筑，需限期拆除；能改正的，需按超建面积缴纳罚款（罚款标准因地而异，通常为建设工程造价的5%-10%）。
     
   • 验收与登记：完成整改并补办手续后，需通过规划、消防等部门验收，方可申请整体产权登记。

3. 仅登记合法面积的实务障碍

   • 产权登记规则：根据《不动产登记暂行条例》，产权登记需以合法建造为前提。若房屋存在违法建设部分，登记部门可能以“整体违法”为由拒绝登记，或要求先拆除违法部分。
     
   • 技术操作难题：房屋面积测绘需以规划许可证为准，超建部分无法被纳入测绘范围，导致无法单独分割“合法面积”进行登记。

4. 风险提示

   • 强制拆除风险：若未主动整改，超建部分可能被认定为“无法改正的违法建筑”，面临强制拆除。
     
   • 交易限制：未合法化的房屋无法正常交易、抵押或继承，可能引发纠纷。
     
   • 行政处罚记录：补办手续时需缴纳罚款，且可能留下行政处罚记录，影响个人信用。

建议：若您的自建房存在超建情况，建议尽快联系当地规划部门或城管部门，咨询补办手续的具体要求，并委托专业机构评估整改方案。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合您所在地区的具体政策提供详细指导。