结论：贪官被查出的100万工作相关款项，其最终处理结果取决于款项性质、来源及法律程序，一般情况下，若为非法所得，则会被没收；若存在争议，需通过法律程序确定。
款项性质与来源的判定
非法所得：
- 若这100万被认定为贪官利用职务之便非法获取的财物，如受贿、贪污等，那么根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，这些财物将被依法没收，上缴国库。
- 例如，贪官通过收受他人贿赂、虚报冒领等方式获得的100万，显然属于非法所得，将被依法追缴。
合法收入但存在争议：
- 若这100万看似是贪官的合法收入，如工资、奖金等，但存在争议，如是否涉及利用职务之便谋取私利、是否存在违规发放等情况，那么需要进一步的调查和法律程序来确定其性质。
- 在这种情况下，贪官可能需要提供相关的证据来证明这100万的合法性，如工资单、奖金发放记录等。若无法提供充分证据，或者证据显示存在违规行为，那么这部分款项也可能被认定为非法所得。
法律程序与证据的重要性
- 在处理这类案件时，法律程序和证据的重要性不言而喻。贪官有权在法律程序中为自己辩护，提供证据来证明自己的清白或减轻责任。
- 同时，检察机关或相关调查机构也会收集证据来证明贪官的违法行为。这些证据可能包括银行转账记录、证人证言、物证等。
- 在法律程序中，贪官和检察机关或调查机构都会围绕款项的性质和来源进行辩论和举证。最终，法院会根据双方提供的证据和法律规定来作出判决。
可能的法律后果
若款项被认定为非法所得：
- 贪官将面临刑事处罚，如有期徒刑、无期徒刑等，并处以罚金或没收财产。
- 同时，这100万将被依法没收，上缴国库。
若款项被认定为合法收入但存在争议：
- 贪官可能需要提供更多的证据来证明自己的清白。
- 若无法提供充分证据或证据显示存在违规行为，那么贪官可能面临行政处罚或刑事处罚，具体取决于违规行为的性质和严重程度。
- 在某些情况下，即使款项被初步认定为合法收入，但若存在违规发放或利用职务之便谋取私利的情况，贪官也可能需要退还部分或全部款项。
建议：如果您或您身边的人涉及此类案件，建议尽快咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的法律后果。同时，积极配合调查机构的调查工作，提供相关的证据和信息，以便尽快查明事实真相。有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。