在起诉离婚程序中，婚外生育的情况一般不会因办理疫苗接种证而被直接查到，但若涉及子女抚养权争议或对方主动调查，则可能被间接发现。具体分析如下：
疫苗接种证本身不直接关联婚姻信息
疫苗接种证是记录儿童疫苗接种情况的医疗文件，通常由医院或社区卫生服务中心出具，内容仅涉及儿童姓名、出生日期、接种疫苗种类及时间等信息，不会主动记录或查询父母的婚姻状况或生育合法性。因此，单纯办理疫苗接种证不会触发对婚外生育的调查。
起诉离婚程序中，婚外生育可能因以下情况被间接发现
- 子女抚养权争议：若离婚涉及子女抚养权归属，法院可能要求双方提供子女的出生证明、户籍信息等材料。若婚外生育的子女未合法落户或出生证明存在瑕疵（如父亲信息与婚姻登记不符），可能引发对方质疑，进而通过申请法院调查令或委托律师调查子女身份信息。
- 对方主动调查：若配偶怀疑存在婚外生育，可能在离婚诉讼中申请法院调查令，要求医院、派出所等机构提供子女出生记录、户籍登记等信息。此时，婚外生育的事实可能因证据链完整而被确认。
- 重婚罪等刑事指控：若婚外生育伴随以夫妻名义同居的行为，可能构成重婚罪。此时，公安机关或检察院在调查中可能调取疫苗接种证等材料作为辅助证据，但这种情况属于极端情形。
法律风险提示
- 婚外生育可能影响财产分割：根据《民法典》第1087条，离婚时财产分割原则上均等，但若一方存在重大过错（如婚外情导致生育），法院可能酌情少分财产。
- 非婚生子女权益保护：非婚生子女与婚生子女享有同等权利，但若生育行为违反计划生育政策（如超生），可能面临行政处罚，但与离婚程序无直接关联。
建议：若您涉及此类情况，需提前整理子女出生证明、户籍信息等材料，确保合法性；若对方已提起调查申请，可委托律师协助应对，避免证据被不当使用。如有进一步疑问，可直接向我咨询。