结论：档案不在公司，公司一般不能直接因此给你记过，但具体情况需结合公司规章制度、档案缺失原因及公司管理权限等因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、从公司规章制度的角度
- 规章制度合法性：公司若要因档案不在公司而给员工记过，首先需确保其规章制度中明确规定了档案管理的相关要求以及违反规定的处罚措施，且该规章制度需经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论、协商确定），并向员工公示或告知。若规章制度不合法或未履行上述程序，公司以此为由记过可能缺乏法律依据。
- 规章制度具体内容：即便规章制度合法，也需查看其中是否明确将“档案不在公司”列为记过的情形。若规章制度中未明确规定，公司则不能随意以此为由记过。
二、从档案缺失原因的角度
- 员工原因：若档案缺失是由于员工个人原因（如未及时将档案转入公司、私自取出档案等），且公司规章制度中明确规定了此类情况的处罚措施，那么公司有可能根据规章制度给员工记过。但即便如此，公司也需确保记过决定符合规章制度的规定，且处罚措施与违规行为的性质、情节相适应。
- 公司原因：若档案缺失是由于公司原因（如管理不善导致档案丢失、未及时通知员工转入档案等），则公司无权因此给员工记过。相反，公司可能需要承担因档案缺失给员工造成的损失。
三、从公司管理权限的角度
- 记过决定的合法性：公司给员工记过属于内部管理行为，但需确保该行为不违反法律法规的强制性规定。若公司无权对员工进行记过处罚（如非国有企业、事业单位等），或记过决定违反了法律法规的规定（如处罚过重、程序违法等），则该记过决定可能无效。
- 记过决定的程序：即便公司有权对员工进行记过处罚，也需确保处罚程序合法。这通常包括告知员工违规事实、听取员工陈述和申辩、作出记过决定并告知员工等步骤。若公司未履行上述程序，记过决定可能因程序违法而无效。
四、法律建议
- 核实公司规章制度：建议你首先核实公司的规章制度，查看其中是否明确规定了档案管理的相关要求及违反规定的处罚措施。
- 了解档案缺失原因：了解档案缺失的具体原因，以便判断公司是否有权因此给你记过。
- 与公司沟通协商：若你认为公司记过决定不合理或违法，可以与公司进行沟通协商，要求公司撤销或变更记过决定。
- 寻求法律援助：若沟通协商无果，你可以向劳动争议调解委员会申请调解，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
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