协议内容金额与事实不符，该协议的效力需分情况讨论，并不一定完全不生效。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议金额与事实不符，可能因意思表示不真实而影响效力
欺诈或胁迫情形：
- 若一方通过欺诈、胁迫手段使对方在违背真实意思的情况下签订协议，且协议金额与事实严重不符，根据《民法典》第一百四十八条、第一百五十条，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。撤销后，协议自始无效，双方应恢复至协议签订前的状态。
- 举例：甲以虚假财务报告欺骗乙，使乙误以为甲公司盈利丰厚而签订投资协议，约定投资金额远高于实际价值。乙发现真相后，可主张撤销协议。
重大误解情形：
- 若因对协议金额产生重大误解而签订，且该误解直接影响协议签订，根据《民法典》第一百四十七条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉总则编若干问题的解释》第十九条，受误解方有权请求撤销协议。
- 举例：甲、乙签订买卖合同，约定货物价格为10万元，但因笔误写成1万元。乙发现后，若能证明该笔误为重大误解，可主张撤销或变更合同金额。
显失公平情形：
- 若协议金额与事实不符导致双方权利义务严重失衡，根据《民法典》第一百五十一条，受损害方有权请求撤销协议。
- 举例：甲利用乙急需资金的心理，签订借款合同，约定高额利息。乙在还款时发现利息远超法定上限，可主张撤销或变更利息条款。
二、协议金额与事实不符，部分条款可能无效，但其他条款仍有效
- 若协议中仅部分金额条款与事实不符，且该部分条款可独立存在，根据《民法典》第一百五十六条，其他部分仍有效。法院或仲裁机构可能仅撤销或变更无效部分，保留有效部分。
- 举例：甲、乙签订买卖合同，约定货物总价10万元，但其中1万元为虚假费用。法院可能仅撤销或变更该1万元条款，保留剩余9万元条款。
三、协议金额与事实不符，但双方已实际履行，可能视为对协议的变更
- 若双方虽签订金额与事实不符的协议，但已按实际金额履行，且无异议，根据《民法典》第五百四十三条，可视为双方以实际行为变更了协议金额，协议按实际履行金额生效。
- 举例：甲、乙签订租赁合同，约定月租金5000元，但实际每月支付4000元，且双方均无异议。可视为双方已变更租金条款，按4000元履行。
四、诉讼策略建议
证据固定：
- 及时保存往来函件、沟通记录、转账凭证等证据，证明协议金额与事实不符。
- 对关键事实进行公证保全，增强证据效力。
时效管理：
- 撤销权行使期限为知道或应当知道撤销事由之日起1年，逾期将丧失撤销权。
- 违约责任诉讼时效为3年，需及时主张权利。
抗辩路径：
- 根据具体情况，同时主张协议无效、撤销或变更，并要求损害赔偿。
- 若对方主张协议有效，可提出反证，证明协议金额与事实不符。
总结来说，协议内容金额与事实不符时，其效力需根据具体情况判断。若存在欺诈、胁迫、重大误解或显失公平等情形，协议可能被撤销或变更；若仅部分条款无效，其他条款仍有效；若双方已实际履行，可能视为对协议的变更。在处理此类纠纷时，建议及时固定证据、管理时效，并根据具体情况选择合适的抗辩路径。如有进一步疑问，可直接向我咨询。