检察院已经逮捕了，后来不予起诉，此时需严格按照法定程序处理，确保被不起诉人的合法权益得到保障，同时维护法律的公正与权威。具体处理程序及建议如下：

一、不起诉决定的作出与宣布

• 法律依据：根据《刑事诉讼法》第一百七十七条，若犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在该法第十六条规定的情形之一（如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的等），人民检察院应作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依法不需要判处刑罚或免除刑罚的，也可酌情作出不起诉决定。
• 具体操作：不起诉决定书应由检察院公开宣布，并送达被不起诉人及其所在单位。若被不起诉人在押，应立即释放，确保其人身自由得到恢复。

二、对被羁押者的处理

• 立即释放：依据《刑事诉讼法》第一百七十八条，检察机关作出不起诉决定后，对于被羁押的犯罪嫌疑人，相关执行机关应立即解除羁押措施。
• 解除查封、扣押、冻结：根据《刑事诉讼法》第一百七十九条，检察院决定不起诉的案件，应同时对侦查中采取的查封、扣押、冻结措施予以解除，并及时返还被不起诉人的合法财产。

三、公安机关移送案件的处理

• 公安机关认为不起诉决定错误：
  • 要求复议：公安机关若认为不起诉决定有误，可在规定期限内向作出决定的检察院提出复议申请。
  • 提请复核：对复议决定不服的，可向上一级检察院提请复核，由上级检察院进行全面审查并作出最终决定。
• 公安机关接受不起诉决定：若公安机关认同不起诉决定，应按决定执行，并妥善处理案件后续事宜，如解除相关侦查措施。

四、被害人的权益保障

• 申诉权利：
  • 法律依据：《刑事诉讼法》第一百八十条规定，对于有被害人的案件，检察院应将不起诉决定书送达被害人。被害人若不服，可在收到决定书后7日内向上一级检察院申诉。
  • 具体操作：上一级检察院应对申诉进行复查，并将结果告知被害人。若维持不起诉决定，被害人可向人民法院提起自诉。
• 直接向人民法院起诉：被害人也有权不经过申诉程序，直接向人民法院提起自诉。法院受理案件后，检察院应移送相关案件材料。

五、移送有关主管机关处理

若被不起诉人需要给予行政处罚、处分或没收违法所得，人民检察院应提出检察意见，移送有关主管机关处理。主管机关应及时将处理结果通知检察院，以确保违法行为的适当处理和维护法律严肃性。

六、后续建议

• 被不起诉人：若您被检察院作出不起诉决定，应确保自己的合法权益得到保障，如及时获得释放、财产得到返还等。同时，若您认为不起诉决定有误，或存在其他争议，可依法寻求法律救济。
• 被害人：若您对检察院的不起诉决定不服，可依法行使申诉权利或直接向人民法院起诉，以维护自己的合法权益。

在处理此类案件时，务必遵循法定程序，确保各方当事人的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。