代理转让企业工厂是否合法，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据具体情况和法律规定来综合判断。以下我将从多个角度为您详细分析：
一、合法转让的情形
符合公司章程和法律规定：
- 如果企业工厂的转让行为符合公司章程的规定，且经过了公司股东会或董事会的决议通过，同时遵循了《公司法》等相关法律法规关于公司资产转让的程序和要求，那么这种转让行为是合法的。
- 例如，公司章程中明确规定了资产转让的程序和条件，且实际转让时严格遵守了这些规定，那么转让行为就是有效的。
经过相关审批或备案：
- 对于某些特定类型的企业工厂，如涉及国家安全、公共利益或需要特殊审批的行业，其转让行为可能需要经过相关政府部门的审批或备案。
- 如果转让行为已经获得了相关部门的批准或完成了备案手续，那么这种转让也是合法的。
二、可能不合法的情形
违反公司章程或法律规定：
- 如果转让行为未经公司股东会或董事会的决议通过，或者违反了公司章程中关于资产转让的规定，那么这种转让行为可能是无效的。
- 例如，公司章程中明确规定了资产转让需要经过全体股东一致同意，但实际转让时并未获得全体股东的同意，那么这种转让行为就可能因违反公司章程而无效。
未经相关审批或备案：
- 对于需要特殊审批或备案的企业工厂转让行为，如果未经相关部门批准或未完成备案手续，那么这种转让行为可能是不合法的。
- 例如，某些涉及国家安全的行业，其资产转让可能需要经过国家安全部门的审批，如果未经审批就擅自转让，那么这种行为就是违法的。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果转让行为是在欺诈、胁迫等不正当手段下进行的，那么这种转让行为也是不合法的。
- 例如，转让方通过欺诈手段使受让方误以为工厂资产状况良好而签订转让合同，或者通过胁迫手段迫使受让方接受不合理的转让条件，那么这种转让行为就可能因存在欺诈、胁迫等情形而无效。
三、法律建议
审查公司章程和法律规定：
- 在进行企业工厂转让前，应首先审查公司章程和相关法律法规，确保转让行为符合规定。
履行相关审批或备案手续：
- 如果转让行为需要经过相关政府部门的审批或备案，应提前办理相关手续，确保转让行为的合法性。
签订合法有效的转让合同：
- 转让双方应签订合法有效的转让合同，明确双方的权利和义务，避免后续纠纷。
寻求专业法律意见：
- 在进行企业工厂转让时，建议寻求专业律师的法律意见，确保转让行为的合法性和有效性。
如果您在代理转让企业工厂过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。