纪委是否会继续调查无关案件本身的证人流水，需结合具体调查阶段、证据关联性及纪委调查权限综合判断，无法一概而论，但可分情况说明：

1. 若证人流水与案件无实质关联，纪委通常不会继续调查

纪委调查的核心是案件本身的违法违纪事实，包括证据的真实性、关联性及合法性。若证人流水（如银行流水、交易记录等）经初步审查，与案件核心事实（如受贿、贪污、滥用职权等）无直接关联，或无法证明案件关键环节（如资金流向、利益输送等），纪委一般不会继续深入调查。
法律依据：根据《中国共产党纪律检查机关监督执纪工作规则》第三十四条，纪委调查需“围绕违纪违法事实收集证据”，若证据与事实无关，可依法排除。

2. 若证人流水可能间接关联案件，纪委可能继续调查

若证人流水虽不直接涉及案件核心事实，但可能通过资金往来、交易记录等间接反映案件线索（如证人是否与涉案人员存在异常经济往来、是否隐瞒关键信息等），纪委可能进一步调查。例如：

• 证人声称与涉案人员无经济往来，但银行流水显示多次大额转账；
  
• 证人作为关键目击者，其流水显示在案发前后有异常资金流动，可能影响其证言可信度。
  法律依据：根据《中华人民共和国监察法》第三十二条，监察机关有权“调查涉嫌贪污贿赂、失职渎职等严重职务违法或者职务犯罪行为”，若证人流水可能涉及“职务违法或犯罪”的关联线索，纪委可依法调查。

3. 若纪委已掌握充分证据，可能终止对证人流水的调查

若纪委通过其他证据（如涉案人员供述、书证、物证等）已形成完整证据链，且证人流水对案件定性无实质影响，纪委可能终止对该部分的调查。例如：

• 涉案人员已承认全部违法事实，且其他证据足以定案；
  
• 证人流水虽存在异常，但与案件核心事实无关（如个人消费记录）。
  法律依据：根据《中国共产党纪律检查机关案件检查工作条例》第二十七条，调查需“以事实为依据，以党纪政纪为准绳”，若证据已充分，无需继续调查无关内容。

4. 若证人流水涉及其他违法线索，纪委可能移交相关部门

若纪委在调查中发现证人流水涉及其他违法线索（如洗钱、偷税漏税等），但与当前案件无关，可能将线索移交公安机关、税务机关等部门处理，而非继续由纪委调查。
法律依据：根据《中华人民共和国监察法》第三十四条，监察机关发现“公职人员涉嫌贪污贿赂、失职渎职等职务违法或者职务犯罪问题以外的违法犯罪线索”，应当移送有关机关处理。

建议

1. 若您是证人：需如实提供与案件相关的流水信息，避免隐瞒或伪造证据；若流水与案件无关，可向纪委说明情况，减少不必要的调查。
   
2. 若您是涉案人员：需关注证人流水是否可能间接反映您的违法事实，提前准备应对方案。
   
3. 若纪委已介入调查：建议配合调查，避免抗拒或干扰，否则可能面临更严重的法律后果。

如有具体案件或流水细节，可直接向我咨询，我会结合案情进一步分析。