不合法。针对您提出的“集体企业营业执照没有通过职工大会擅自变更为全民所有制企业是否合法”的问题，我们可以从以下几个角度进行深入分析：
一、法律程序角度
变更企业性质需遵循法定程序：
- 根据我国相关法律法规，企业性质的变更（如从集体企业变更为全民所有制企业）并非随意可为，而是需要遵循严格的法定程序。这通常包括但不限于：提出变更申请、编制变更方案、召开职工大会或职工代表大会进行审议、报经有关部门批准等。
职工大会的作用：
- 职工大会或职工代表大会是企业民主管理的重要形式，对于涉及企业重大事项（如企业性质变更）的决策，应当充分听取和尊重职工的意见。未经职工大会审议通过而擅自变更企业性质，显然违反了民主管理原则。
二、法律后果角度
变更行为可能无效：
- 如果集体企业未经职工大会审议通过而擅自变更为全民所有制企业，该变更行为可能因违反法定程序而被认定为无效。这意味着，变更后的企业性质在法律上可能不被承认，相关权益也可能无法得到保障。
可能承担法律责任：
- 对于擅自变更企业性质的行为，相关责任人（如企业负责人、决策者等）可能面临法律责任。这包括但不限于：行政责任（如受到相关部门的处罚）、民事责任（如赔偿因变更行为给职工或其他利益相关方造成的损失）等。
三、实际操作建议
立即停止违规行为：
- 如果发现集体企业存在未经职工大会审议通过而擅自变更企业性质的情况，应当立即停止该违规行为，并尽快采取补救措施。
依法进行变更：
- 如果确实需要变更企业性质，应当按照法定程序进行。这包括但不限于：召开职工大会或职工代表大会进行审议、编制变更方案、报经有关部门批准等。
寻求法律帮助：
- 在处理此类复杂法律问题时，建议寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、协助编制变更方案、代表企业与相关部门沟通等法律服务。
总结与建议：集体企业未经职工大会审议通过而擅自变更为全民所有制企业的行为是不合法的。这种行为不仅违反了法定程序，还可能带来一系列的法律后果。因此，建议企业在处理此类问题时务必遵循法定程序，尊重职工的民主权利，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。