针对您提出的“原集体企改制，营业执照是变更还是设立，若原法人代表与自然人身份和工会签订”的问题，以下是我的详细解答：
- 关于营业执照的变更或设立：
- 在原集体企业改制的过程中，营业执照的处理方式主要取决于改制的具体形式和内容。如果改制仅仅是企业组织形式、股权结构或经营方式的调整，而企业的法律主体资格并未发生根本性变化（即企业仍然保持其法人地位，只是内部结构或所有制形式有所改变），那么通常应当办理营业执照的变更手续，而非重新设立。
- 如果改制导致原企业的法律主体资格消灭，并新设立了一个或多个新的企业法人，那么这些新设立的企业应当办理营业执照的设立手续。
在您描述的情况下，如果原集体企业改制后仍然保持其法人地位，只是与自然人身份和工会签订了相关协议或进行了其他形式的调整，那么更可能的是需要办理营业执照的变更手续。但具体还需根据改制的详细方案和当地工商行政管理部门的规定来确定。
- 关于原法人代表与自然人身份和工会签订的问题：
- 原法人代表在改制过程中与自然人身份和工会签订协议或进行其他法律行为，其法律效力取决于协议或行为的具体内容、签订各方的真实意思表示以及是否符合相关法律法规的规定。
- 如果协议或行为涉及企业改制的核心内容（如股权转让、资产处置等），那么必须确保其合法性和有效性，避免因违反法律法规或损害其他股东、债权人的利益而导致协议无效或被撤销。
- 原法人代表在签订协议或进行其他法律行为时，应当充分披露相关信息，确保其他签订方能够充分了解并同意协议或行为的内容。同时，原法人代表也应当遵守其作为企业法定代表人的职责和义务，不得利用其地位损害企业的利益。
综上所述，原集体企业改制过程中营业执照的处理方式以及原法人代表与自然人身份和工会签订协议或进行其他法律行为的法律效力，都需要根据改制的具体方案、当地工商行政管理部门的规定以及相关法律法规的规定来确定。如果您在改制过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。