结论：在工商登记显示法定代表人已变更，但营业执照上法定代表人仍为原法定代表人的情况下，应以工商登记为准。不过，这一结论可能因具体情况和后续操作而有所变化，以下从多个角度进行分析。
一、工商登记的法律效力
工商登记是公司法定事项变更的法定程序，具有公示公信力。根据《公司法》及相关规定，公司法定代表人的变更应当办理工商变更登记手续。一旦完成变更登记，即对外产生法律效力，第三人可以基于工商登记的信息信赖公司的法定代表人身份。因此，在工商登记显示法定代表人已变更的情况下，该变更具有法律效力，应以工商登记为准。
二、营业执照的更新问题
营业执照是公司合法经营的凭证，其中记载了公司的基本信息，包括法定代表人。然而，营业执照的更新可能存在一定的滞后性。有时，由于行政流程、信息传递等原因，营业执照上的信息可能未能及时更新。但这并不影响工商登记的法律效力。如果营业执照上的法定代表人信息未及时更新，公司应及时向工商行政管理部门申请更新营业执照，以确保营业执照信息的准确性。
三、实际操作中的建议
确认工商登记信息：首先，应确认工商登记信息是否确实已经变更，并获取变更登记的相关证明文件。
申请更新营业执照：如果营业执照上的法定代表人信息未更新，公司应尽快向工商行政管理部门提交申请，更新营业执照上的信息。在申请更新时，可能需要提供工商变更登记的证明文件等相关材料。
保留相关证据：在变更过程中，公司应保留好所有相关的证据和文件，如变更登记申请书、股东会决议、新任法定代表人的身份证明等，以备不时之需。
通知相关方：公司还应及时通知银行、税务、合作伙伴等相关方关于法定代表人变更的信息，以确保公司业务的顺利进行。
四、可能面临的法律后果
如果公司未及时更新营业执照上的法定代表人信息，可能会面临一些法律后果。例如，在与第三方进行交易时，如果第三方基于营业执照上的信息信赖原法定代表人的身份，并因此遭受损失，公司可能需要承担相应的法律责任。因此，公司应及时更新营业执照上的信息，以避免不必要的法律风险。
五、特殊情况的处理
如果工商登记变更与营业执照更新之间存在时间差，且在此期间发生了与法定代表人相关的法律纠纷或交易，公司应积极与相关方沟通，说明情况，并提供工商变更登记的证明文件等相关材料，以证明公司法定代表人的实际变更情况。
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