有限公司修改公司章程的程序主要包括以下几个步骤：
提出修改议案：
- 修改公司章程的议案通常由公司董事会或执行董事提出。他们基于公司的发展需求、法律法规的变化或公司治理结构的优化等合理原因，认为有必要对公司章程进行修改。
- 董事会应就修改的内容、目的、必要性进行充分讨论，并形成书面决议。同时，起草公司章程修改草案，明确修改的具体条款和预期效果。
召开股东会或股东大会前的通知：
- 对于有限责任公司，应至少提前十五日通知全体股东；对于股份有限公司，则应至少提前二十日（临时股东大会为十五日）通知各股东，并明确会议时间、地点和审议事项。
- 通知内容应包括会议议题，即修改公司章程的议案，以便股东提前准备并参与讨论。
股东会或股东大会的表决：
- 股东会或股东大会对公司章程修改议案进行审议，并投票表决。无论是有限责任公司还是股份有限公司，修改公司章程的决议都必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
- 表决过程应严格遵循公司章程和《中华人民共和国公司法》的相关规定，确保表决的公正性和合法性。
涉及审批事项的特别处理：
- 如果公司章程的修改涉及到需要政府主管机关审批的事项（如经营范围变更需前置审批、股份有限公司为注册资本而发行新股等），则必须在获得相关政府主管机关的批准后才能继续后续步骤。
- 审批过程中，公司应提交相关申请材料，并积极配合政府主管机关的审查工作。
办理变更登记或备案：
- 修改后的公司章程若涉及公司名称、住所、法定代表人等登记事项的变更，需向公司登记机关提交相关材料并申请变更登记。
- 对于未涉及登记事项的修改，则需将修改后的公司章程送交公司登记机关备案。备案时，应提交包括法定代表人签署的《公司备案申请书》、修改后的公司章程或修正案、关于修改公司章程的决议等材料。
进行公告（如需）：
- 如果公司章程的修改涉及到需要公告的事项（如公司发行新股、重大资产重组等），公司必须按照法定或公司章程规定的方式及时进行公告。
- 公告的目的是保障公司信息披露的透明度和公众的知情权，维护公司的市场形象和信誉。
在修改公司章程的过程中，公司还应特别注意以下几点：
- 确保修改内容的合法性和合规性，避免违反相关法律法规的规定。
- 修改过程应公开透明，充分保障股东的知情权和参与权。
- 必要时可咨询专业法律人士，以确保修改过程的顺利进行和修改结果的合法有效。
有限公司修改公司章程是一个严谨且需遵循法定程序的过程。通过明确的提议、通知、表决、审批（如需）、登记备案及公告（如需）等步骤，可以确保公司章程的修改既符合法律法规的要求，又能够有效维护公司和股东的合法权益。如果您在修改公司章程的过程中遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询。