有限责任公司修改公司章程由股东会决定。具体来说：

法律依据

根据《中华人民共和国公司法》第四十三条第二款的规定：“股东会会议作出修改公司章程的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。”这表明，在有限责任公司中，修改公司章程属于特别决议事项，需由股东会以特别决议的方式通过。

决议过程

1. 提议阶段：通常由董事会或者执行董事、持有一定比例股份的股东提出修改公司章程的提议。
2. 通知与召集：公司需按照法定程序通知所有股东召开股东会，并明确会议议程包括修改公司章程的议题。
3. 审议与表决：在股东会上，对修改公司章程的议案进行审议，并由股东进行表决。这里的“三分之二以上表决权”是指股东按照出资比例或公司章程约定的其他方式行使表决权时，同意修改的股东的表决权总数应达到或超过全部表决权的三分之二。
4. 备案与公告：修改后的公司章程需报公司登记机关备案，有的还需要依法进行公告。

注意事项

• 修改公司章程必须严格遵守法律法规，不得损害股东的合法权益，也不能违背公司的根本宗旨和目的。
• 修改过程中应充分考虑各方利益，确保决策的公正性与合理性。
• 修改后的公司章程应及时更新并公布，让所有股东和相关利益方了解公司的最新治理规则，并据此执行。

综上所述，有限责任公司修改公司章程是由股东会决定的，且必须遵循严格的法律程序和规定。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。