针对您提出的“拆迁协议是父子名字，怎样办房产证”的问题，这确实是一个涉及产权归属、家庭成员权益以及拆迁程序等多方面的复杂问题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、拆迁协议与产权归属
首先，需要明确的是，拆迁协议上列有父子两人的名字，这通常意味着在拆迁过程中，双方都作为被拆迁人或权益人被考虑在内。然而，这并不直接决定新房产证的产权归属，因为产权的最终确定还需依据拆迁补偿协议的具体内容以及家庭内部的协商结果。
二、新房产证的办理流程
确认拆迁补偿协议内容：
- 仔细阅读拆迁补偿协议，明确协议中关于新房屋产权归属的条款。如果协议中明确规定了新房屋的产权归属（如归父亲所有、归儿子所有或父子共有），则按照协议内容办理。
家庭内部协商：
- 如果拆迁补偿协议中未明确新房屋的产权归属，或者家庭成员对产权归属有争议，那么需要家庭内部进行协商，达成一致意见。
- 协商过程中，可以考虑各自对原房屋的贡献、拆迁过程中的实际付出、未来居住需求等因素，以公平合理的方式确定产权归属。
准备相关材料：
- 根据协商结果，准备办理新房产证所需的相关材料，如身份证、户口本、拆迁补偿协议、购房合同（如果新房屋是购买而非调换）、完税证明等。
前往不动产登记中心办理：
- 携带准备好的材料，前往当地的不动产登记中心办理新房产证。在办理过程中，可能需要填写相关表格、缴纳相关费用，并按照工作人员的指示完成其他手续。
三、特殊情况的处理
父亲已故：
- 如果父亲在拆迁过程中或之后去世，那么拆迁补偿权益（包括新房屋的产权）将作为遗产处理。
- 如果有遗嘱或遗赠协议，按照遗嘱或遗赠协议的内容分配；如果没有，则按照法定继承处理，由第一顺序继承人（配偶、子女、父母）均等分配。
产权调换与货币补偿的选择：
- 如果拆迁补偿方式包括产权调换和货币补偿两种，家庭成员可以根据自身需求和实际情况选择适合的方式。
- 如果选择产权调换，新房屋的产权归属需按照上述流程确定；如果选择货币补偿，则补偿款可以按照家庭内部协商的结果进行分配。
四、建议与注意事项
咨询专业律师：
- 由于拆迁和房产证办理涉及复杂的法律问题，建议咨询专业律师以确保各方权益得到妥善处理。
保留相关证据：
- 在处理过程中，保留好所有与拆迁、产权归属相关的证据和文件，以备不时之需。
家庭和睦为重：
- 在处理产权归属问题时，应以家庭和睦为重，尽量通过协商达成一致意见，避免不必要的法律纠纷。
综上所述，拆迁协议是父子名字时办理新房产证需要综合考虑多方面因素，并按照相关流程和规定进行操作。希望以上解答能对您有所帮助。