针对您提出的问题，即“拆迁协议是父亲的名字，但父亲死了，儿子怎么办房产证”，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，当房屋产权人为父亲，且父亲已经去世的情况下，拆迁补偿权益以及后续的房产处置都将涉及到遗产继承的问题。

一、拆迁补偿权益的继承

1. 遗嘱或遗赠协议：

   • 如果父亲在生前留下了合法有效的遗嘱或遗赠协议，那么拆迁补偿权益将按照遗嘱或遗赠协议的内容进行分配。

2. 法定继承：

   • 若父亲没有留下遗嘱或遗赠协议，那么拆迁补偿权益将按照法定继承来处理。根据《继承法》的规定，第一顺序继承人包括配偶、子女、父母。因此，儿子作为子女之一，有权继承父亲的拆迁补偿权益。

二、后续房产证的办理

在父亲去世后，若拆迁补偿选择了产权调换（即获得新的房屋作为补偿），那么新房屋的产权证办理将涉及以下步骤：

1. 确定继承人：

   • 首先，需要确定所有第一顺序继承人，包括配偶、子女、父母。如果其他继承人放弃继承或不存在，则儿子可以单独继承。

2. 协商或法律途径确定产权归属：

   • 继承人之间应协商一致，确定新房屋的产权归属。如果协商不成，可能需要通过法律途径（如诉讼）来确定产权。

3. 办理继承公证：

   • 在确定产权归属后，需要前往公证处办理继承公证，以证明儿子是合法的继承人。

4. 办理房产证：

   • 携带继承公证书、拆迁补偿协议、原房产证（如果已注销则无需携带）等相关材料，前往房地产管理部门办理新房屋的房产证。

三、注意事项

1. 拆迁程序的合法性：

   • 确保拆迁过程遵循法定程序，包括申领《房屋拆迁许可证》、发布《拆迁通告》等，以保障拆迁补偿协议的合法性和有效性。

2. 家庭成员间的协商：

   • 在处理拆迁补偿和房产证办理过程中，家庭成员之间应保持沟通，尽量协商一致，以避免家庭纠纷。

3. 咨询专业律师：

   • 由于遗产继承和房产证办理涉及复杂的法律问题，建议咨询专业律师以确保各方权益得到妥善处理。

综上所述，当拆迁协议是父亲的名字且父亲已经去世时，儿子作为继承人需要按照法定继承程序来处理拆迁补偿权益和后续的房产证办理。在此过程中，应确保拆迁程序的合法性、家庭成员间的协商以及咨询专业律师的建议。