综合工时加班的认定主要依据劳动者的实际工作时间是否超过法定标准工作时间，以及是否在休息日或法定节假日工作。具体分析如下：
一. 综合工时制度的定义与特点
- 定义：综合工时制度是指因工作性质特殊或受季节、自然条件限制，需连续作业或集中作业的职工，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。
- 特点：在综合工时制度下，职工的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，即每日工作不超过8小时，每周工作不超过40小时。
二. 综合工时加班的认定标准
- 超过法定标准工作时间：在综合计算周期内，如果职工的实际工作时间超过了法定标准工作时间（即每日8小时，每周40小时），则超出部分应视为加班。
- 例如，某职工在综合工时制度下，一周内工作了45小时，那么超出的5小时就应被认定为加班。
- 休息日或法定节假日工作：即使在综合工时制度下，如果职工在休息日或法定节假日被安排工作，也应按照相关法律法规的规定支付加班费。
- 法律依据：《劳动法》第四十四条规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定节假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
三. 加班费的计算与支付
- 计算方式：加班费的计算通常基于职工的工资水平和加班时间。具体计算方式可能因地区和企业规定而有所不同，但应确保符合相关法律法规的最低标准。
- 支付要求：企业应按照约定的时间及时支付加班费，不得拖欠或克扣。
我建议，企业在实行综合工时制度时，应严格遵守相关法律法规，合理安排职工的工作时间，确保职工的休息权益得到保障。同时，职工也应了解自己的权益，如认为自己的加班权益受到侵害，可及时与企业沟通或向相关部门投诉。如有进一步需要，您可以继续咨询我。