在刑事案件中，若被告人之间互相指认对方提起犯意，司法机关会综合全案证据进行审查判断，不会仅凭被告人之间的互相指认就认定犯罪事实。具体处理方式如下：

1. 证据审查原则：

   • 根据我国刑事诉讼法的规定，证据必须经过查证属实，才能作为定案的根据。对于被告人之间的互相指认，司法机关会审查指认的合理性、是否存在矛盾或不合理之处，以及指认内容是否与其他证据相互印证。
   • 若指认内容与其他客观证据（如物证、书证、证人证言等）相矛盾，或指认本身存在不合理之处（如指认时间、地点、方式等与案件事实不符），则该指认可能不会被采信。

2. 单独指认的效力：

   • 被告人之间的互相指认，本质上属于同案被告人之间的供述。根据刑事诉讼法的规定，同案被告人的供述不能单独作为认定案件事实的依据，需要与其他证据相互印证。
   • 若仅凭被告人之间的互相指认，而没有其他证据支持，司法机关通常不会据此认定犯罪事实。因为同案被告人之间可能存在利害关系，其指认可能出于推卸责任、减轻处罚等动机。

3. 综合证据判断：

   • 司法机关在处理此类案件时，会综合考虑全案证据，包括被告人供述、被害人陈述、证人证言、物证、书证、鉴定意见等。
   • 若被告人之间的互相指认能够与其他证据相互印证，形成完整的证据链，且指认内容合理、无矛盾，则该指认可能被采信，并作为认定犯罪事实的依据之一。

4. 特殊情况的处理：

   • 在某些特殊情况下，如被告人之间存在明确的共谋或组织、领导犯罪集团的情况，互相指认可能具有更高的证明力。但即便如此，司法机关仍会进行严格的证据审查，确保指认内容的真实性和可靠性。
   • 若被告人提出受到刑讯逼供等非法取证行为的指控，司法机关会依法进行调查核实。若查证属实，则相关指认可能被排除作为定案的根据。

建议：

• 对于涉及此类情况的被告人或其家属，建议积极配合司法机关的调查工作，如实陈述案件事实。
• 若认为指认内容不实或存在非法取证行为，应及时向司法机关提出异议，并依法维护自己的合法权益。
• 在整个诉讼过程中，应尊重司法机关的判决结果，若对判决结果有异议，可依法通过上诉、申诉等途径寻求救济。