关于补充协议约定下已发生费用由谁承担的问题，这主要取决于补充协议的具体约定内容以及原合同的履行情况，以下分情况讨论：
补充协议明确约定了已发生费用的承担方
- 如果补充协议中明确规定了已发生费用由哪一方承担，那么应当遵循该约定。因为补充协议作为原合同的补充或变更，具有法律效力，双方应当按照约定履行。例如，若补充协议中写明“双方确认，截至本协议签署之日，因履行原合同已产生的费用XX元，由甲方承担”，则甲方需按照约定支付该费用。
补充协议未明确约定已发生费用的承担方，但原合同有相关规定
- 在这种情况下，如果原合同中有关于费用承担的条款，且该条款未被补充协议所变更或废止，那么应当继续按照原合同的约定执行。例如，原合同中规定“因履行本合同产生的费用，由乙方承担”，而补充协议中并未对此进行变更，则乙方仍需承担已发生的费用。
补充协议和原合同均未明确约定已发生费用的承担方
- 若补充协议和原合同均未对已发生费用的承担方作出明确约定，那么双方应当协商解决。协商不成的，可以根据合同的性质、目的、交易习惯以及公平原则等因素，综合判断费用的合理承担方。例如，如果已发生的费用是因一方违约而产生的，那么违约方可能应当承担该费用；如果费用是因双方共同行为或不可抗力等因素产生的，则可能需要根据实际情况分担费用。
法律建议：
- 在签订补充协议时，建议双方对已发生费用的承担方进行明确约定，以避免后续争议。
- 如果补充协议和原合同均未约定，且双方无法协商一致，建议寻求法律途径解决，如通过诉讼或仲裁等方式确定费用的承担方。
可能法律后果：
- 如果一方未按照补充协议或原合同的约定承担费用，可能构成违约行为，需要承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
- 如果双方因费用承担问题产生争议且无法协商解决，可能会影响合同的继续履行，甚至导致合同解除。
举例说明：
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定甲方购买乙方的货物，并由乙方负责运输。在合同履行过程中，因市场变化导致运输费用增加。双方随后签订了一份补充协议，但补充协议中并未对已产生的运输费用承担方进行约定。此时，如果原合同中也没有相关规定，那么双方应当协商解决。如果协商不成，且运输费用的增加并非因乙方违约或故意行为导致，那么根据公平原则，双方可能需要根据实际情况分担该费用。
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