没有房产证的门市签订的协议是否有效，需分情况讨论：

1. 协议内容不违反法律强制性规定时，协议有效
   根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定、不违背公序良俗。即使门市无房产证，若协议仅涉及租赁、合作经营等不依赖产权登记的内容（如约定租金支付、使用期限、维修责任等），且双方自愿签署，则协议在合同层面有效。但需注意，此类协议可能因标的物权属瑕疵导致履行风险（如出租方非产权人时，实际产权人主张权利）。

2. 协议内容涉及产权转让时，协议无效或效力待定
   若协议约定“买卖”无房产证的门市，则因违反《城市房地产管理法》第38条（未依法登记领取权属证书的房地产不得转让）而无效。此外，若门市属于违章建筑（如未取得建设工程规划许可证），根据《民法典》第153条，协议因违反法律强制性规定而无效。若门市为共有财产（如夫妻共有），未经全体共有人同意的转让协议可能因无权处分而效力待定，需共有人追认或事后取得产权后生效。

3. 协议效力与物权变动的区分
   即使协议有效，无房产证的门市可能无法办理物权变更登记（如过户）。根据《民法典》第209条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记发生效力。因此，协议有效仅约束双方合同权利义务，不直接导致产权变动。若因物权未登记导致合同目的无法实现（如买方无法取得产权），可依据《民法典》第563条解除合同并主张违约责任。

风险提示与建议：

• 签订前核查门市权属：要求出卖方/出租方提供产权证明、规划许可等文件，或通过不动产登记中心查询权属状态。
  
• 明确协议性质：避免使用“买卖”“转让”等表述，可改为“租赁”“合作经营”等，并约定产权瑕疵时的责任承担条款。
  
• 保留证据：保存付款凭证、沟通记录等，以防纠纷时证明合同履行情况。
  

如有具体协议条款或交易细节需进一步分析，可直接向我咨询。