可以直接报警，但需注意报警后的处理方式及后续可能的法律途径。以下从不同角度为您详细分析：
一、报警的合法性与合理性
合法性：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，对于任何扰乱公共秩序、妨害公共安全、侵犯人身权利、财产权利、妨害社会管理的行为，公安机关都有权进行查处。男方扣留出生证，若其行为已影响到女方的合法权益（如孩子落户、入学等），且经村委调解无果，女方报警请求公安机关协助处理，是合法的。
合理性：报警是公民在遇到无法自行解决的纠纷或侵害时，寻求国家公权力介入的一种合理方式。在此情况下，女方已尝试通过村委调解解决，但未果，因此报警是合理的后续行动。
二、报警后的处理方式
公安机关的调解：报警后，公安机关可能会先进行调解，尝试促使双方达成和解。若男方愿意归还出生证，则问题得以解决。
行政处罚或刑事追究：若男方拒绝归还，且其行为构成违法（如涉嫌侵占、妨碍公务等），公安机关可能会根据具体情况对其处以行政处罚，甚至追究其刑事责任。但需注意，单纯扣留出生证的行为，一般不构成犯罪，除非伴随其他严重情节。
出具证明或协助取回：若公安机关认为该纠纷不属于其管辖范围，或调解无果，可能会出具相关证明，建议女方通过法律途径解决，如向法院提起诉讼，要求男方归还出生证。同时，公安机关在必要时也可能协助女方取回出生证。
三、后续可能的法律途径
民事诉讼：若报警后问题仍未解决，女方可以向法院提起民事诉讼，要求男方归还出生证，并可能要求赔偿因扣留出生证而造成的损失。
申请行为保全：在诉讼过程中，若担心出生证被进一步损毁或转移，女方可以向法院申请行为保全，要求男方立即归还出生证。
四、建议与注意事项
保留证据：在报警及后续法律途径中，女方应保留好相关证据，如村委调解记录、报警记录、与男方的沟通记录等，以证明男方扣留出生证的事实及自己的合法权益受到侵害。
理性沟通：在报警前及报警后，女方仍可尝试与男方进行理性沟通，说明出生证对孩子及双方的重要性，尝试通过和平方式解决问题。
寻求专业帮助：若问题复杂或涉及法律程序较多，女方可寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到充分保护。
总结来说，女方因男方扣留出生证而报警是合法且合理的。报警后，公安机关可能会进行调解、出具证明或协助取回出生证。若问题仍未解决，女方可通过民事诉讼等法律途径维护自己的合法权益。在整个过程中，女方应保留好相关证据，理性沟通，并在必要时寻求专业律师的帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。