针对您提出的“出生证原件在男方不配合小孩上户如何起诉”的问题，这确实是一个涉及法律程序和儿童权益保护的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律背景与原则
首先，需要明确的是，《出生医学证明》是新生儿的重要法定医学证明文书，它直接关系到新生儿的出生登记、社会保障、购买保险等多项权利的行使。在办理《出生医学证明》时，通常需要新生儿父母双方持有效身份证件原件供签发机构核验，以确保信息的准确性和一致性。然而，在实际操作中，可能会遇到父母一方不配合的情况，这时就需要依据相关法律法规和“儿童利益优先”原则来处理。
二、男方不配合时的处理方式
尝试协商与沟通：
- 在采取法律手段之前，建议首先尝试与男方进行协商和沟通，了解其不配合的具体原因，并寻求双方都能接受的解决方案。
申请单亲《出生医学证明》：
- 如果协商无果，且男方确实无法或不愿提供身份证件原件，您可以考虑向医疗机构申请单亲《出生医学证明》。这通常需要您提交相关证明材料，如与男方的沟通记录、男方不配合的说明等，以证明您已经尽力尝试获取男方的配合但未能成功。
- 医疗机构在审查相关材料后，如果认为符合单亲《出生医学证明》的签发条件，会为您出具相应的证明。
法律诉讼途径：
- 如果医疗机构拒绝签发单亲《出生医学证明》，或者您认为男方的行为已经严重侵犯了您和孩子的合法权益，您可以考虑通过法律诉讼途径来解决问题。
- 在诉讼过程中，您需要准备充分的证据材料，如出生证明申请记录、与男方的沟通记录、医疗机构的相关证明等，以证明男方的不配合行为以及您已经尽力尝试解决问题但未能成功。
- 法院将根据相关法律法规和“儿童利益优先”原则进行审理，并作出相应的判决。
三、具体操作建议
收集证据材料：
- 收集所有与男方沟通的记录，包括短信、微信、电话录音等。
- 收集医疗机构的相关证明，如申请单亲《出生医学证明》的说明、医疗机构拒绝签发的理由等。
咨询专业律师：
- 在采取法律诉讼途径之前，建议咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的风险。
- 律师可以为您提供专业的法律建议，并帮助您准备充分的证据材料。
遵循法律程序：
- 在诉讼过程中，严格遵守法律程序，按照法院的要求提交证据材料、参加庭审等。
- 尊重法院的判决结果，并按照判决结果执行。
四、特殊情况处理
- 如果男方在国外且拒不配合亲子鉴定或认可亲子关系，这可能会增加办理落户手续的难度。在这种情况下，您可能需要通过外交途径或国际法律协助来解决问题，或者考虑其他可行的落户方式，如跟随母亲落户（如果符合当地政策）。
五、总结与建议
面对男方不配合小孩上户的情况，您首先应尝试协商与沟通，如果无果则考虑申请单亲《出生医学证明》或通过法律诉讼途径来解决问题。在整个过程中，务必保持冷静和理性，遵循法律程序，并寻求专业律师的帮助。同时，也要关注孩子的权益和利益，确保他们能够得到妥善的照顾和保护。