结论前置：若要从质保金中扣除施工方多结算的款项，需遵循以下合规流程：1. 确认多结算事实及金额；2. 签订书面扣除协议；3. 履行通知义务；4. 办理质保金扣除手续；5. 留存完整证据链。以下为具体分析：

一、确认多结算事实及金额

1. 审计与核对
   需通过专业审计或财务核对，确认施工方确实存在多结算款项的事实，并明确具体金额。此步骤需保留完整的审计报告、结算单、合同等证据材料。

2. 法律依据
   根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定的，应承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。多结算款项属于施工方不当得利，发包方有权要求返还。

二、签订书面扣除协议

1. 协议内容
   需与施工方签订书面协议，明确约定：

   • 多结算款项的具体金额及计算依据；
     
   • 同意从质保金中扣除的条款；
     
   • 扣除后的质保金余额及返还条件；
     
   • 双方的权利义务及违约责任。

2. 法律效力
   书面协议是双方合意的体现，可避免后续纠纷。若施工方拒绝签署，发包方需通过法律途径主张权利。

三、履行通知义务

1. 通知形式
   应以书面形式（如律师函、通知函）通知施工方，说明多结算事实、扣除依据及金额，并要求其配合办理扣除手续。

2. 通知内容
   通知中需载明：

   • 扣除款项的法律依据；
     
   • 扣除的具体金额及计算方式；
     
   • 扣除后的质保金处理方式；
     
   • 施工方如有异议的救济途径（如协商、仲裁或诉讼）。

四、办理质保金扣除手续

1. 内部审批
   发包方需按照内部财务管理制度，履行质保金扣除的审批流程，确保手续合规。

2. 财务处理
   财务部门应根据书面协议及通知，从质保金中扣除相应款项，并出具扣除凭证。扣除后，质保金余额应符合合同约定或法律规定。

五、留存完整证据链

1. 证据材料
   需留存以下证据：

   • 审计报告或财务核对结果；
     
   • 书面扣除协议；
     
   • 通知施工方的书面文件及送达凭证；
     
   • 财务扣除凭证及质保金余额记录。

2. 证据效力
   完整证据链可证明扣除行为的合法性，避免施工方后续主张权利。

六、特殊情形处理

1. 施工方拒绝配合
   若施工方拒绝签署协议或配合扣除，发包方可：

   • 通过法律途径（如起诉）要求返还多结算款项；
     
   • 在质保金返还条件成就时，直接从应返还质保金中扣除相应金额，并通知施工方。

2. 质保金不足
   若质保金不足以覆盖多结算款项，发包方可要求施工方补足差额，或通过其他财产担保方式实现债权。

提示：以上流程需严格遵循合同约定及法律规定，避免因程序瑕疵导致扣除行为无效。如有具体问题，可直接向我咨询。