针对“违反环保三同时，运营方不是建设方，处罚主体是谁”的问题，结论前置如下：
一般情况下，处罚主体为建设方：
- 法律依据：根据《建设项目环境保护管理条例》的相关规定，建设项目的环境影响报告书、报告表未经批准或者未经原审批部门重新审核同意，建设单位擅自开工建设的，由负责审批建设项目环境影响报告书、环境影响报告表的环境保护行政主管部门责令停止建设，根据违法情节和危害后果，处建设项目总投资额百分之一以上百分之五以下的罚款，并可以责令恢复原状。这里的“建设单位”即指建设方。
- 逻辑分析：环保“三同时”制度要求建设项目的环境保护设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用。若违反此制度，通常视为建设方在项目规划、建设过程中未履行环保责任，因此处罚主体一般为建设方。
特殊情况下，运营方也可能成为处罚主体：
- 运营方责任：若运营方在项目运营过程中，未按照环保要求运行环境保护设施，或者擅自拆除、闲置环境保护设施，导致环境污染的，环保部门有权对运营方进行处罚。
- 法律依据：根据《中华人民共和国环境保护法》及相关配套法规，运营单位有义务确保其运营的项目符合环保要求，若违反，将承担相应的法律责任。
- 实例说明：例如，某工厂在运营过程中，未按照环保要求处理废水，导致周边环境受到污染。此时，环保部门有权对该工厂（即运营方）进行处罚，即使该工厂并非项目的建设方。
共同责任的情况：
- 建设方与运营方共同责任：在某些情况下，建设方和运营方可能因共同的行为或疏忽导致环保“三同时”制度被违反。此时，环保部门可能根据具体情况，对建设方和运营方同时进行处罚。
- 法律原则：根据法律原则，当多个主体共同导致违法行为发生时，各主体应承担相应的法律责任。
法律建议：
- 对于建设方而言，应严格遵守环保“三同时”制度，确保项目的环境保护设施与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用。
- 对于运营方而言，应确保在项目运营过程中，环境保护设施正常运行，并符合环保要求。
- 若面临环保处罚，建议及时咨询专业律师，了解自身权利与义务，并积极配合环保部门的调查与处理。
可能法律后果：
- 若被认定为处罚主体，可能面临罚款、责令停止建设或运营、恢复原状等法律后果。
- 严重的违法行为还可能涉及刑事责任，如构成污染环境罪等。
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