违反“三同时”制度及无证排污，是可以分别进行处罚的。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律定义与处罚依据
“三同时”制度：
- 定义：“三同时”制度是指建设项目中的环境保护设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用的制度。
- 处罚依据：如果建设项目未遵守“三同时”制度，环保部门有权依据相关法律法规（如《中华人民共和国环境保护法》等）对建设单位进行处罚，包括责令停止建设、罚款等。
无证排污：
- 定义：无证排污是指未取得排污许可证或者违反排污许可证的规定排放污染物的行为。
- 处罚依据：对于无证排污的行为，环保部门同样有权依据相关法律法规（如《中华人民共和国大气污染防治法》、《中华人民共和国水污染防治法》等）对排污单位进行处罚，包括责令改正、罚款、责令停产整治等。
二、分别处罚的合理性
违法行为独立性：
- “三同时”制度违反和无证排污是两种独立的违法行为，它们各自具有不同的违法构成要件和法律后果。
- 因此，环保部门有权对这两种违法行为分别进行调查和处罚。
法律目的与效果：
- 分别处罚有助于更准确地打击违法行为，保护环境资源。
- 如果对两种违法行为合并处罚，可能会模糊各自的违法性质，降低法律的威慑力。
三、实际操作中的注意事项
调查取证：
- 环保部门在调查时，应分别收集关于“三同时”制度违反和无证排污的证据，确保处罚的针对性和准确性。
处罚程序：
- 环保部门应按照法定程序对两种违法行为分别进行处罚，包括告知、听证、决定等环节。
合并执行的可能性：
- 虽然两种违法行为可以分别处罚，但在某些情况下，如果两种违法行为存在关联或者对环境造成了共同损害，环保部门也可以考虑在处罚决定中明确合并执行的方式和期限。不过，这并不影响两种违法行为的独立性和分别处罚的合法性。
四、法律后果与影响
对建设单位或排污单位的影响：
- 分别处罚意味着建设单位或排污单位需要承担更多的法律责任和经济负担。
- 这有助于促使建设单位或排污单位更加重视环境保护工作，遵守相关法律法规。
对环境保护工作的推动：
- 分别处罚有助于强化环保部门的执法力度，提高法律的威慑力。
- 这有助于推动环境保护工作的深入开展，促进可持续发展。
总结与建议：违反“三同时”制度及无证排污是两种独立的违法行为，环保部门有权分别进行处罚。在实际操作中，环保部门应确保调查取证的准确性和处罚程序的合法性。如果你或你所在的企业涉及此类问题，建议积极配合环保部门的调查工作，并尽快采取措施改正违法行为，以避免更严重的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。