针对您提出的“超过追诉期的违法所得怎么处理”这一问题，我将从法律依据、处理原则、以及具体处理方式三个方面为您进行详细解答。
一、法律依据
首先，我们需要明确的是，即使案件已经超过了追诉期，对于犯罪分子的违法所得，法律仍然有明确的规定要求进行追缴。这主要基于以下两条法律依据：
《中华人民共和国刑法》第六十四条：该条款明确规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。这一规定表明，追缴违法所得是法律明确规定的责任，且该责任独立于刑事追诉，不受追诉时效的限制。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条：虽然该条款规定犯罪已过追诉时效期限的不追究刑事责任，但追缴违法所得作为另一种法律责任，并不受此限制。这意味着，即使刑事责任因追诉期已过而不再追究，但违法所得的追缴责任仍然存在。
二、处理原则
在处理超过追诉期的违法所得时，我们应遵循以下原则：
依法追缴原则：违法所得本身并不因案件超过追诉期而合法化，司法机关仍有权根据法律规定对违法所得进行追缴。
保护合法权益原则：在追缴违法所得的过程中，应确保不损害第三方的合法权益。如果违法所得已被第三人善意取得，且无法追回原物，可能需要考虑其他补偿方式。
综合考虑原则：处理违法所得时，应综合考虑案件的具体情况，包括违法所得的性质、数额、来源以及当事人的主观恶性等，以做出更为合理和公正的处理决定。
三、具体处理方式
针对超过追诉期的违法所得，我们可以采取以下具体处理方式：
追缴并上缴国库：对于能够明确认定的违法所得，司法机关应依法予以追缴，并上缴国库。这既体现了法律的严肃性，也维护了社会的公平正义。
返还被害人或合法所有人：如果违法所得原本属于被害人或合法所有人，且能够明确认定，应依法返还。这有助于恢复被害人的财产权益，体现法律的救济功能。
无法追缴时的处理：如果违法所得已无法追缴（如已被消耗、转移或灭失），司法机关可能需要根据具体情况作出相应处理。例如，在某些情况下，可能会要求当事人承担一定的民事赔偿责任。
特殊情形下的处理：对于某些特殊类型的案件（如经济犯罪），如果违法所得涉及复杂的资产关系或金融交易，可能需要借助专业的审计、评估机构来协助确定违法所得的数额和性质。在处理过程中，还应充分考虑社会稳定和公共利益等因素。
综上所述，即使案件已经超过了追诉期，对于犯罪分子的违法所得，我们仍然应当依法予以追缴。这既是对法律公正性和权威性的维护，也是对被害人合法权益的保护。希望以上解答能够对您有所帮助。