在事故中保险公司赔偿后，案件受理费仍需由司机赔付，主要基于以下原因：

1. 保险合同条款的约定
   商业保险合同中通常明确约定，保险公司的赔偿范围仅限于事故造成的直接损失（如车辆维修费、医疗费等），而诉讼费用（包括案件受理费）属于间接损失或程序性费用，不在保险责任范围内。因此，若合同无特别约定，司机需自行承担该费用。

2. 诉讼费用的性质与归属
   根据《诉讼费用交纳办法》第二十九条，诉讼费用由败诉方负担。若司机在事故中负全部或主要责任，法院可能判定其承担案件受理费；即使保险公司已赔偿部分损失，但诉讼程序本身是因司机行为引发，故费用仍由其承担。

3. 保险赔偿与诉讼费用的独立性
   保险赔偿旨在弥补受害人的实际损失，而诉讼费用是因纠纷进入司法程序产生的额外支出。两者性质不同，保险公司的赔偿义务不涵盖诉讼费用，除非合同明确约定或法律另有规定（如交强险中部分费用可能由保险公司承担，但商业险通常排除）。

4. 司机过错与责任承担
   若司机在事故中存在过错（如违章驾驶），其需对自身行为导致的法律后果负责。诉讼费用作为纠纷解决的必要成本，由过错方承担符合公平原则。即使保险公司已介入赔偿，司机仍需为自身行为引发的程序性费用买单。

建议：

• 司机在投保时应仔细阅读合同条款，明确保险范围是否包含诉讼费用；
  
• 若对费用承担有异议，可在诉讼中提出抗辩或申请法院调解；
  
• 如有复杂情况，可进一步向我咨询具体法律适用问题。