结论：医疗器械已履行进货查验义务的情况下，是否需要立案需结合具体违法情形判断，不能一概而论。以下分情况说明：
1. 若仅因未履行进货查验义务被举报/检查，但已实际履行
- 无需立案：根据《医疗器械监督管理条例》第八十七条，若经营者能证明已履行进货查验义务（如留存供货方资质、产品合格证明、进货票据等），且无其他违法行为，监管部门通常不会立案处罚。此时“已履行义务”是免责的核心依据。
- 例外情形：若查验记录存在虚假（如伪造票据）、查验内容不完整（如未查验产品注册证），则可能被认定为“未履行”，此时仍可能立案。
2. 若存在其他违法行为（如销售假劣器械、未注册产品等）
- 需立案：进货查验义务是程序性要求，若经营者同时存在实质性违法（如销售无证产品、过期器械），即使履行了查验义务，仍需对实质性违法行为立案查处。查验义务的履行可能作为从轻情节，但不免除其他违法责任。
- 法律依据：《医疗器械监督管理条例》第八十一条至第八十六条明确规定了销售假劣、无证、过期器械等行为的处罚，与查验义务无关。
3. 监管部门主动检查发现程序瑕疵但无实质违法
- 可能不立案，但需整改：若查验记录存在形式瑕疵（如记录未及时归档、签字不全），但产品本身合法且无危害，监管部门可能要求限期整改而非立案。此时“已履行义务”是避免处罚的关键，但需完善程序。
实务建议
- 留存完整查验证据：包括供货方资质、产品注册证、合格证明、进货票据、验收记录等，确保可追溯。
- 区分程序与实质违法：若仅因查验程序被质疑，需强调实际履行情况；若存在其他违法，需主动配合调查并整改。
- 及时沟通监管部门：对立案决定有异议的，可申请听证或复议，提供查验证据证明无主观过错。
如有具体案件细节（如被举报内容、查验记录情况等），可进一步向我说明，我会结合法规和实务经验为您分析。