医疗机构未对医疗器械进行进货查验记录，一般由药品监督管理部门进行处罚。以下是详细分析：
法律依据
根据《医疗器械监督管理条例》的相关规定，医疗器械经营企业、使用单位应当从具备合法资质的医疗器械注册人、备案人、生产经营企业购进医疗器械，并查验供货者的资质和医疗器械的合格证明文件，建立进货查验记录制度。若医疗机构未履行这一义务，即未对医疗器械进行进货查验记录，将面临法律责任。
处罚主体
药品监督管理部门：这是主要的处罚主体。药品监督管理部门负责医疗器械的监督管理工作，包括对医疗器械经营、使用环节的监督检查。当发现医疗机构未对医疗器械进行进货查验记录时，药品监督管理部门有权依据相关法律法规进行处罚。
其他相关部门：在特定情况下，如涉及公共卫生安全等重大问题，其他相关部门如卫生健康主管部门等也可能参与处罚或协助药品监督管理部门进行处罚。但一般情况下，主要由药品监督管理部门负责。
处罚措施
对于医疗机构未对医疗器械进行进货查验记录的行为，药品监督管理部门可以采取以下处罚措施：
责令改正：要求医疗机构立即停止违法行为，并限期改正。
给予警告：对医疗机构进行警告，以警示其遵守相关法律法规。
罚款：根据违法行为的情节严重程度，对医疗机构处以一定数额的罚款。罚款数额可能因地区、违法情节等因素而有所不同，但一般会有明确的法定标准。
其他处罚：在严重情况下，如医疗机构拒不改正或违法行为情节特别严重，药品监督管理部门还可以采取吊销医疗器械经营许可证、责令停业整顿等更严厉的处罚措施。
实际建议
加强内部管理：医疗机构应建立健全医疗器械进货查验记录制度，确保从合法渠道购进医疗器械，并妥善保存相关记录和文件。
定期自查自纠：医疗机构应定期对医疗器械的购进、使用情况进行自查自纠，及时发现并纠正存在的问题。
积极配合监管：当药品监督管理部门进行监督检查时，医疗机构应积极配合，提供必要的资料和协助，以维护自身的合法权益和声誉。
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