医疗器械没有入库记录的处罚需根据具体违法情形及主体身份，结合《医疗器械监督管理条例》等法规综合判定，可能面临警告、罚款、没收违法所得直至吊销许可证等行政处罚，情节严重者可能承担刑事责任。以下分情况说明：

一、若主体为医疗器械经营企业

1. 未建立并执行进货查验记录制度
   根据《医疗器械监督管理条例》第45条、第89条，经营企业未建立并执行进货查验记录制度（包括入库记录）的，由药监部门责令改正，给予警告；拒不改正的，处1万元以上10万元以下罚款；情节严重的，责令停产停业，直至吊销经营许可证。
   关键点：需证明企业存在“未建立制度”或“制度执行不到位”的客观事实，如无入库记录、查验流程缺失等。

2. 经营无合格证明文件或过期医疗器械
   若因无入库记录导致无法追溯产品来源，且实际经营无合格证明文件、过期、失效或淘汰的医疗器械，根据《条例》第86条，将面临没收违法经营的产品及违法所得，并处货值金额10倍以上20倍以下罚款；情节严重的，责令停产停业，吊销许可证。
   关键点：需证明无入库记录与违法经营行为之间的因果关系。

二、若主体为医疗器械使用单位（如医院、诊所）

1. 未建立并执行医疗器械使用前质量检查制度
   根据《条例》第50条、第89条，使用单位未建立并执行使用前质量检查制度（包括入库验收记录）的，由药监部门责令改正，给予警告；拒不改正的，处1万元以上10万元以下罚款；情节严重的，责令停产停业，直至吊销执业许可证。
   关键点：需证明使用单位未履行入库验收、质量检查等法定义务。

2. 使用无合格证明文件或过期医疗器械
   若因无入库记录导致使用无合格证明文件、过期、失效或淘汰的医疗器械，根据《条例》第86条，将面临没收违法使用的产品及违法所得，并处货值金额5倍以上15倍以下罚款；情节严重的，责令停产停业，吊销执业许可证。
   关键点：需证明无入库记录与使用违法产品之间的直接关联。

三、若涉及刑事责任

若因无入库记录导致严重后果（如使用不合格医疗器械造成患者伤害或死亡），可能触犯《刑法》第145条（生产、销售不符合标准的医用器材罪）或第142条之一（妨害药品管理罪），依法追究刑事责任。
关键点：需证明无入库记录与危害后果之间的因果关系，且达到刑事立案标准。

四、合规建议

1. 完善记录制度：建立覆盖采购、验收、储存、使用全流程的记录体系，确保可追溯性。
   
2. 定期自查：定期核对库存与记录一致性，及时发现并纠正问题。
   
3. 培训人员：加强员工对法规及内部制度的培训，避免因操作疏忽导致违法。
   

如需进一步分析具体案件或合规方案，可直接向我咨询。