上班迟到扣休息是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情形
规章制度未履行民主程序：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若规章制度未经此程序制定，迟到扣休息的规定即不合法。例如，若公司直接由管理层决定迟到扣休息，未经过职工讨论，则此规定可能无效。
规章制度未公示告知：
- 用人单位需将直接涉及劳动者切身利益的规章制度公示或告知劳动者。若未进行公示或告知，劳动者可能并不知晓该规定，因此不能作为处理依据。比如，公司未将迟到扣休息的规定张贴在显眼位置，也未通过邮件或内部系统告知员工，则员工有权主张不知情，该规定对其不适用。
扣休息时间显失公平：
- 若迟到几分钟即被扣除较长时间的休息，如迟到5分钟扣1小时休息，这种规定明显加重了劳动者的责任，违反了公平原则，应认定为不合法。这种过度扣减休息时间的行为，可能被视为对劳动者权益的侵害。
侵犯劳动者休息权：
- 根据我国《宪法》和《劳动法》，劳动者享有休息休假的权利。若因迟到而过度扣减休息时间，导致劳动者无法保证基本休息，即侵犯了劳动者的休息权，属于不合法行为。例如，若员工因迟到被扣除大量休息时间，导致连续工作超过法定时长，则此行为违法。
工资低于最低工资标准：
- 无论何种情况下，劳动者的工资都不能低于当地的最低工资标准。如果因迟到扣休息（间接导致工资降低）而使工资降低至此标准以下，同样构成违法。比如，员工因迟到被扣除休息时间，进而导致当月工资低于最低工资标准，则公司行为违法。
二、合法的情形
合法依规制定并告知：
- 若用人单位的规章制度经过民主程序制定，且已向劳动者公示或告知，同时规定的迟到扣休息内容合理，未违反法律法规的强制性规定和公平原则，则该规定可被视为合法。例如，公司经过职工代表大会讨论，制定了合理的迟到扣休息制度，并已向全体员工公示，则此制度合法有效。
劳动者事先同意：
- 如果劳动者在入职时或在工作过程中，自愿与用人单位达成协议，同意迟到时用休息时间来抵偿，并且该协议不存在欺诈、胁迫等情形，那么迟到扣休息也可能是合法的。但这种情况需要明确的书面协议等证据来证明劳动者的自愿性。比如，员工在入职时签署了同意迟到扣休息的协议，且该协议内容合法合理，则公司依据此协议扣减休息时间合法。
三、实际应用中的建议
- 对于用人单位：应确保规章制度的合法性和合理性，遵循民主程序制定，并及时公示告知劳动者。同时，扣减休息时间应合理，不得侵犯劳动者的基本权益。
- 对于劳动者：应了解自身权益，关注用人单位的规章制度，并在必要时寻求劳动监察部门或劳动仲裁机构的帮助。若认为公司的迟到扣休息规定不合法或不合理，可以提出异议并寻求法律援助。
综上所述，上班迟到扣休息是否违法需综合考虑多个因素，包括规章制度的制定程序、公示告知情况、扣罚的合理性以及是否侵犯劳动者权益等。在实际应用中，应根据具体情况进行判断和处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。