结论：公司干完工程后，甲方直接抵账房子给法人是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及工程款结算方式、公司财产处置权限及法人代表行为效力等方面。以下从不同角度详细分析：
一、工程款结算方式的合法性
合同约定优先：
- 若公司与甲方在工程合同中明确约定了以房产抵付工程款的方式，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种结算方式是合法的。
- 在此情况下，甲方将房产抵账给公司（或公司指定的接收方，如法人）是履行合同义务的行为，具有法律效力。
无约定或约定不明时的处理：
- 若合同中未约定以房产抵付工程款，或约定不明确，双方需协商一致并签订补充协议，明确抵账房产的具体信息、价值、过户手续等事项。
- 若协商不成，公司有权要求甲方按照合同约定的方式支付工程款，如现金、银行转账等。此时，甲方单方面将房产抵账给法人可能构成违约，公司可依法追究其违约责任。
二、公司财产处置权限的合法性
公司财产独立原则：
- 公司作为独立的法人实体，其财产与股东、法人代表的财产相分离。公司财产的处置需遵循公司章程、股东会或董事会的决议，以及相关法律法规的规定。
- 若法人未经公司授权或违反公司章程、决议，擅自将公司应得的房产抵账给自己，可能构成对公司财产的侵占或挪用，需承担相应的法律责任。
法人代表行为效力：
- 法人代表作为公司的对外代表，其行为在授权范围内具有法律效力。但若法人代表的行为超出授权范围，或未经公司同意，擅自处置公司财产，其行为的效力可能受到质疑。
- 在此情况下，若法人代表将房产抵账给自己，且该行为未经公司同意或授权，公司有权要求法人代表返还房产或赔偿损失。
三、可能涉及的法律后果
合同纠纷：
- 若甲方与公司因工程款结算方式产生争议，可能引发合同纠纷。双方需通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。
公司财产纠纷：
- 若法人代表擅自处置公司财产，可能引发公司内部财产纠纷。公司可通过内部程序（如股东会决议、董事会决议等）或法律途径（如诉讼）追究法人代表的责任。
税务问题：
- 以房产抵付工程款还可能涉及税务问题。双方需按照税法规定缴纳相关税费，如契税、印花税等。若未按规定缴纳税费，可能面临税务机关的处罚。
四、建议与措施
审查合同条款：
- 公司应仔细审查与甲方签订的工程合同，明确工程款结算方式、违约责任等条款，确保合同内容合法、有效。
完善内部决策程序：
- 公司应完善内部决策程序，确保法人代表在处置公司财产时遵循公司章程、股东会或董事会的决议，避免擅自处置公司财产。
及时咨询专业律师：
- 若公司对工程款结算方式、公司财产处置权限等方面存在疑问或争议，应及时咨询专业律师，以便更好地维护自身合法权益。
总结：公司干完工程后，甲方直接抵账房子给法人是否合法，需根据合同约定、公司财产处置权限及法人代表行为效力等方面综合判断。若存在疑问或争议，建议公司及时咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。