结论前置：公司因劳动纠纷指控员工贪污物流发票报销款项，这涉及劳动纠纷与可能的刑事犯罪指控，需分情况讨论并采取相应措施。
一、劳动纠纷层面
报销流程与证据保留：
- 首先，员工应回顾并整理所有与物流发票报销相关的流程、审批记录、报销凭证等，确保自己报销行为的合规性。
- 若报销流程符合公司规定，且所有报销凭证真实有效，员工可据此反驳公司的贪污指控。
沟通与协商：
- 员工应主动与公司沟通，了解公司指控的具体依据，并尝试通过协商解决纠纷。
- 若公司无法提供充分证据支持其指控，员工可要求公司撤回指控，并恢复名誉。
劳动仲裁或诉讼：
- 若协商无果，员工可向当地劳动仲裁机构申请仲裁，或直接向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
- 在仲裁或诉讼过程中，员工需提供充分证据证明自己的报销行为合法合规。
二、刑事犯罪指控层面
贪污罪的构成要件：
- 贪污罪是指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。
- 若员工非国家工作人员，或虽为国家工作人员但未利用职务便利非法占有公司财物，则不构成贪污罪。
证据收集与反驳：
- 若公司指控员工贪污，员工应积极收集证据反驳指控，如报销凭证、审批记录、同事证言等。
- 员工可证明自己报销的款项均用于公司业务，且未私自侵占。
刑事辩护与法律援助：
- 若公司坚持指控并报警，员工可能面临刑事调查。此时，员工应尽快咨询专业律师，了解自己的权利和义务。
- 律师将协助员工收集证据、准备辩护材料，并在必要时提供法律援助，确保员工的合法权益不受侵害。
三、综合建议
保持冷静与理性：
- 面对公司的指控，员工应保持冷静与理性，避免情绪化回应或采取过激行为。
积极应对与配合：
- 员工应积极应对公司的指控，配合相关调查或仲裁程序，提供必要证据和信息。
寻求专业法律帮助：
- 在整个过程中，员工应寻求专业律师的帮助，确保自己的权益得到充分保护。律师将根据具体情况为员工提供定制化的法律建议和辩护策略。
四、可能后果与预防措施
可能后果：
- 若员工被证实存在贪污行为，将面临刑事处罚和民事赔偿等严重后果。
- 若员工被错误指控，虽最终可能洗清冤屈，但名誉和职业生涯可能受到一定影响。
预防措施：
- 员工应严格遵守公司报销规定和法律法规，确保报销行为的合规性。
- 员工应保留好所有报销凭证和审批记录，以备不时之需。
- 员工应定期接受公司组织的合规培训，提高合规意识和风险防范能力。
有问题直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供进一步的法律建议和帮助。