针对员工侵占顾客会员卡中的钱这一问题，企业应当采取以下措施来应对：

一、核实事实并固定证据

1. 全面调查：企业应迅速展开内部调查，核实员工是否确实存在侵占顾客会员卡资金的行为。这包括但不限于查看会员卡交易记录、监控录像、与顾客沟通确认等。
2. 固定证据：在调查过程中，务必确保所有相关证据得到妥善保存。这些证据可能包括交易凭证、监控视频、员工操作记录、顾客投诉记录等。证据的固定对于后续的法律程序至关重要。

二、判断行为性质及法律后果

1. 侵占行为性质：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，如果员工利用职务上的便利，将顾客会员卡中的资金非法占为己有，数额较大，则可能构成职务侵占罪。
2. 法律后果：一旦行为被认定为职务侵占罪，员工将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役或罚金等。同时，企业作为受害方，有权要求员工赔偿因此造成的经济损失。

三、采取法律措施

1. 内部处理：在确认员工存在侵占行为后，企业应首先依据内部规章制度进行相应处理，如解除劳动合同、追回经济损失等。
2. 报警处理：如果侵占行为涉嫌犯罪，企业应及时向公安机关报案，要求公权力介入处理。公安机关将依法进行调查，并根据调查结果采取相应的法律措施。
3. 民事诉讼：除了刑事追责外，企业还可以通过民事诉讼途径要求员工赔偿经济损失。在诉讼过程中，企业需要提供充分的证据证明员工的侵占行为以及因此造成的损失。

四、加强内部管理

1. 完善制度：企业应建立健全的财务管理制度和会员卡管理制度，明确员工在处理会员卡资金时的职责和权限，防止类似事件再次发生。
2. 培训教育：定期对员工进行法律知识和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业道德水平，减少因疏忽或故意导致的违法行为。
3. 监督机制：建立有效的内部监督机制，对员工处理会员卡资金的行为进行实时监控和定期审计，确保资金的安全和合规使用。

五、与顾客沟通协商

1. 及时告知：在确认员工侵占行为后，企业应及时与受影响的顾客沟通，告知其会员卡资金被侵占的情况，并表达企业的歉意和解决问题的诚意。
2. 协商解决：与顾客协商解决方案，如补发会员卡资金、提供优惠或补偿等，以尽量减少对顾客的影响并维护企业的声誉。

行动建议：

• 企业应迅速行动，核实事实并固定证据，以便在后续的法律程序中占据有利地位。
• 根据行为的性质和后果，采取相应的法律措施，包括内部处理、报警处理和民事诉讼等。
• 加强内部管理，完善制度、培训教育和监督机制，防止类似事件再次发生。
• 与受影响的顾客及时沟通协商，尽量减少对顾客的影响并维护企业的声誉。

在处理此类问题时，企业应保持冷静和理性，遵循法律程序，依法维护自身的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。