结论：商户的店长侵占会员卡充值后的金额，在符合一定条件下，确实可能构成职务侵占罪。下面我将从职务侵占罪的构成要件、具体情形以及法律后果等角度进行详细分析。
一、职务侵占罪的构成要件
职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。其构成要件主要包括：
主体要件：犯罪主体是公司、企业或者其他单位的工作人员，包括董事、监事、经理、财务人员等，但不包括国家工作人员。
主观要件：犯罪主观方面是故意，且具有非法占有的目的。
客体要件：犯罪客体是公司、企业或者其他单位的财产所有权。
客观要件：犯罪客观方面表现为利用职务上的便利，侵占本单位财物，数额较大的行为。这里的“利用职务上的便利”是指利用自己主管、管理、经手本单位财物的便利条件；“数额较大”通常指的是达到一定的金额标准，具体标准可能因地区而异。
二、具体情形分析
在商户的店长侵占会员卡充值后的金额这一情形中，我们需要关注以下几个方面：
店长身份：店长作为商户的工作人员，符合职务侵占罪的主体要件。
利用职务便利：店长在管理会员卡充值、消费等事务中，具有经手、管理本单位财物的便利条件。如果店长利用这一便利条件，将充值后的金额非法占为己有，就符合了职务侵占罪的客观要件。
非法占有目的：店长必须具有非法占有的目的，即意图将充值后的金额永久地据为己有，而不是暂时借用或挪用。
数额较大：侵占的金额需要达到一定的标准，才能构成职务侵占罪。这一标准可能因地区而异，具体需要参考当地的司法解释或相关规定。
三、法律后果
如果店长侵占会员卡充值后的金额构成职务侵占罪，将面临以下法律后果：
刑事处罚：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占罪可处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
民事赔偿：除了刑事处罚外，店长还需要承担民事赔偿责任，即赔偿商户因侵占行为所遭受的损失。
四、建议
收集证据：如果商户发现店长有侵占会员卡充值后金额的行为，应尽快收集相关证据，如充值记录、消费记录、银行流水等，以便后续维权。
及时报警：在收集到足够证据后，商户应及时向公安机关报案，由公安机关进行调查取证，并依法追究店长的刑事责任。
咨询律师：在整个过程中，商户可以咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。
综上所述，商户的店长侵占会员卡充值后的金额，在符合职务侵占罪的构成要件时，确实可能构成职务侵占罪。因此，商户应密切关注此类行为，及时采取措施维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。