政府采购合同是否需要代理机构盖章，需分情况讨论：

1. 代理机构参与采购流程但非合同主体时
   根据《中华人民共和国政府采购法》第二十条，采购人依法委托采购代理机构办理采购事宜的，应当与代理机构签订委托代理协议。但合同法律关系仅存在于采购人（国家机关、事业单位或团体组织）与中标/成交供应商之间，代理机构并非合同当事人。此时合同仅需采购人与供应商签字盖章，无需代理机构盖章。

2. 代理机构作为合同一方参与时
   若因特殊情形（如集中采购机构统一组织采购后需对特定条款承担责任），代理机构被明确约定为合同主体之一，则其需在合同上加盖公章或合同专用章。但此类情形需以书面合同条款或补充协议为依据，非普遍性要求。

3. 实务操作中的例外情形
   部分地方政府采购文件可能要求代理机构在合同见证页或备案文件中盖章，但该行为属于行政管理性要求，不改变合同主体关系。若采购文件未明确要求，供应商可拒绝代理机构提出的盖章要求。

建议：

• 签订合同前核查采购文件及委托代理协议，确认代理机构权限范围；
  
• 若对合同主体存疑，可要求采购人出具书面说明或通过政府采购网公示信息核实；
  
• 遇到代理机构强行要求盖章且无法律依据时，可向同级财政部门投诉。
  

如需进一步分析具体合同条款或地方性规定，可直接向我提供详细信息。