工程款违约金一般应让对方开具增值税普通发票，具体发票类型需根据实际情况判断，以下分情况说明：

1. 若违约金属于价外费用
   根据《增值税暂行条例》第六条及其实施细则第十二条，销售方向购买方收取的违约金若与销售货物、劳务、服务、无形资产或不动产直接相关（即属于价外费用），需并入销售额计算增值税。此时应要求对方开具与主业务一致的增值税发票（如工程款为11%税率，违约金也按11%税率开具增值税专用发票或普通发票）。
   操作建议：核对合同条款，确认违约金是否与工程进度、质量等直接挂钩。若属于价外费用，需在发票“备注栏”注明“违约金”字样，并确保税率与主业务一致。

2. 若违约金为独立赔偿（非价外费用）
   若违约金是因对方违约（如逾期完工、质量不达标）而支付的赔偿，且与销售行为无直接关联，则不属于增值税应税范围。此时对方应开具增值税普通发票，税率为“不征税”，发票内容注明“违约金”或“赔偿金”。
   操作建议：要求对方在发票“货物或应税劳务、服务名称”栏填写“*生活服务*违约金”或“*其他现代服务*赔偿金”，并选择“不征税”税率。若对方拒绝开具，可依据《发票管理办法》第十九条要求其履行开票义务。

3. 特殊情形：对方为小规模纳税人
   若对方是小规模纳税人，无论违约金是否属于价外费用，均只能开具增值税普通发票（税率3%或1%，当前有减免政策）。若需抵扣进项税，需确认对方是否可代开专用发票（部分地区允许小规模纳税人代开专票）。

风险提示：

• 若未取得合规发票，企业所得税前可能无法扣除违约金支出（《企业所得税法》第八条）。
  
• 对方若以“收据”代替发票，可能面临税务处罚（《发票管理办法》第三十五条）。
  

建议行动：

1. 核对合同条款，明确违约金性质；
   
2. 要求对方按上述分类开具发票，并留存合同、付款凭证、发票三联作为税务稽查依据；
   
3. 若对方拒不开票，可向当地税务机关举报（拨打12366或通过电子税务局投诉）。
   

如有进一步细节（如合同条款、对方纳税人身份等），可直接向我咨询，我会结合具体情形提供更精准的方案。