结论前置：员工的养老、工伤、失业险和养老及生育险分别在两个公司缴纳，这种做法不合法。

1. 从社会保险法的角度来看：

   • 根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，职工应当参加基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险和生育保险，由用人单位和职工共同缴纳相关保险费。这里的“用人单位”指的是与职工建立劳动关系的单位，且通常是一个单位。
   • 社会保险的缴纳是基于劳动关系而存在的，一个职工在同一时间段内只能与一个用人单位建立劳动关系。因此，从法律逻辑上讲，职工的社会保险（包括养老、工伤、失业、生育等险种）应当由同一个用人单位缴纳。

2. 从实际操作的角度来看：

   • 如果允许职工的社会保险分别在两个公司缴纳，将会导致社会保险管理的混乱。例如，在计算养老金、享受工伤保险待遇、领取失业保险金或生育津贴时，可能会出现重复领取、无法确定责任主体等问题。
   • 此外，这种做法也可能给用人单位带来法律风险。如果两个公司都为职工缴纳了社会保险，而职工实际上只与其中一个公司存在劳动关系，那么另一个公司的缴纳行为可能被视为无效或违规，甚至可能面临社保部门的处罚。

3. 特殊情况的考虑：

   • 虽然一般情况下职工的社会保险应当由同一个用人单位缴纳，但也存在一些特殊情况。例如，职工可能同时与多个单位存在非全日制劳动关系或劳务关系。然而，在这种情况下，非全日制职工或提供劳务的人员通常只参加部分社会保险（如工伤保险），且缴纳方式也有特殊规定。
   • 对于全日制职工而言，其社会保险应当由与其建立劳动关系的用人单位统一缴纳，不存在分别在两个公司缴纳的情况。

总结与建议：

• 员工的养老、工伤、失业险和养老及生育险应当由与其建立劳动关系的同一个用人单位统一缴纳。
• 如果发现存在分别在两个公司缴纳社会保险的情况，建议及时与相关单位沟通并纠正，以避免可能的法律风险和管理混乱。
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