结论：这种操作是否违法不能一概而论，需要结合具体情形判断，以下分情况说明：

1. 若款项性质合法且流程合规
   如果客户与其客户之间的交易本身合法（如正常商品买卖、服务提供），合作社仅作为代收方，且你退回款项的行为有合法依据（如合同约定、双方协商一致），后续客户再与你结算也符合约定流程，则不涉及违法。例如：客户委托合作社代收货款，后因交易取消需退款，你按流程操作并完成结算，属于合法民事行为。

2. 若款项涉及非法目的或流程违规

   • 资金来源非法：若客户的客户支付的款项涉及诈骗、洗钱等违法活动（如客户通过虚构交易骗取资金），你协助退回款项可能被认定为“掩饰、隐瞒犯罪所得”，涉嫌违法。
     
   • 虚构交易逃税：若客户与合作社通过虚构交易（如无实际货物或服务）套取资金，再通过退款和结算逃避税务监管，可能构成“虚开发票”或“偷逃税款”，违反《税收征收管理法》及《刑法》相关条款。
     
   • 违反财务制度：若你作为公司员工或负责人，未经公司授权擅自操作款项退回和结算，可能违反公司财务管理制度，甚至涉嫌“职务侵占”或“挪用资金”（若款项属于公司财产）。

3. 关键风险点提示

   • 证据留存：需保留交易合同、退款协议、结算凭证等文件，证明操作合法性。
     
   • 主体资格：确认合作社、客户及你的主体身份合法，避免为无资质主体（如空壳公司）操作资金。
     
   • 资金流向：确保资金未通过个人账户频繁进出，避免被认定为“资金池”或“非法集资”。

建议：

• 若交易合法，建议完善书面协议，明确各方权利义务；
  
• 若对交易性质存疑，可进一步提供细节（如交易内容、款项用途等），以便更精准分析；
  
• 涉及大额资金或复杂交易，建议提前咨询以规避风险。
  

如有其他疑问，可直接向我说明具体情况，我会进一步为你分析。