合同签订单位和开票单位不一致时，起诉是否有用需分情况讨论，但总体而言，起诉仍可能是一种有效的法律救济途径，关键在于能否证明实际交易关系及对方违约事实。具体分析如下：

1. 若能证明实际交易关系，起诉通常有效
   合同签订单位与开票单位不一致，可能因集团内部调拨、关联公司交易或委托付款等情形导致。此时，若能通过其他证据（如送货单、对账单、付款记录、沟通记录等）证明实际交易双方为合同签订方与实际履行方，且开票单位的行为构成表见代理或债务加入，法院可能认定实际交易关系存在，并支持基于合同关系的诉讼请求（如要求支付货款、承担违约责任等）。
   例如：A公司与B公司签订合同，但发票由B的子公司C开具，若A能证明货物实际由B接收且C的付款行为系代B履行，则起诉B仍可能获支持。

2. 若无法证明实际交易关系，起诉可能面临风险
   若合同签订单位与开票单位无关联，且无其他证据证明实际交易关系（如合同未履行、货物未交付等），则可能因“主体不适格”被法院驳回起诉。此时，需先通过证据补强（如追加被告、申请调查取证等）明确责任主体，再行起诉。
   例如：A公司与B公司签合同，但发票由无关的D公司开具，且无证据证明D与B存在代理或关联关系，则起诉B可能因缺乏交易事实依据而败诉。

3. 税务合规问题可能影响诉讼策略
   若开票单位与合同单位不一致涉及虚开发票等税务违法行为，可能引发税务机关介入调查。此时，需在诉讼中同步处理税务合规问题（如补开发票、调整账目等），避免因税务瑕疵影响合同效力或诉讼结果。
   例如：若开票单位为无实际交易的空壳公司，可能被认定为虚开发票，导致合同部分条款无效，但不影响已履行部分的货款主张。

建议行动步骤：

1. 收集所有交易证据（合同、发票、送货单、付款记录、沟通记录等），证明实际交易关系；
   
2. 分析开票单位与合同单位的关系（如关联公司、委托付款等），确定责任主体；
   
3. 咨询专业律师，评估诉讼风险并制定策略（如是否追加被告、申请证据保全等）；
   
4. 若涉及税务问题，同步咨询税务律师，确保诉讼与税务合规同步推进。
   

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合证据情况提供针对性分析。