当实际费用超过合同金额时，既可以选择签订补充协议，也可以选择另签合同，具体取决于双方协商的结果和实际情况。以下是对这一问题的详细分析：

签订补充协议的情况

1. 变更内容较少：如果实际费用超过合同金额的部分不大，或者只是合同中的某些细节需要调整，那么签订补充协议可能是一个更为简便和高效的选择。补充协议可以针对合同中的特定条款进行修改或补充，而无需重新签订整个合同。

2. 双方协商一致：在签订补充协议前，双方需要就变更的内容进行充分的协商，并达成一致意见。如果双方能够就变更内容达成共识，那么签订补充协议将是一个可行的选择。

3. 保持合同连续性：签订补充协议有助于保持合同的连续性和稳定性。通过补充协议对合同进行修改或补充，可以确保合同在变更后仍然具有法律效力，并继续约束双方的行为。

另签合同的情况

1. 变更内容较大：如果实际费用超过合同金额的部分较大，或者合同的主体内容、权利义务等发生了重大变化，那么另签合同可能更为合适。另签合同可以确保双方对新的合同内容有清晰的认识和约定，避免后续产生纠纷。

2. 原合同存在缺陷：如果原合同存在某些缺陷或不足，导致无法通过补充协议进行完善，那么另签合同可能是一个更好的选择。通过重新签订合同，可以确保合同内容更加完善、合理，并更好地保护双方的权益。

3. 法律或政策要求：在某些情况下，法律或政策可能要求双方重新签订合同。例如，如果合同涉及到的业务领域发生了重大变化，或者相关法律法规进行了修订，那么双方可能需要重新签订合同以符合新的法律或政策要求。

法律建议

1. 明确变更内容：在决定是签订补充协议还是另签合同前，双方需要明确变更的具体内容，包括变更的范围、金额、时间等。这有助于双方更好地进行协商和决策。

2. 协商一致：无论选择签订补充协议还是另签合同，双方都需要就变更的内容进行充分的协商，并达成一致意见。这有助于确保合同的顺利执行和双方的权益得到保护。

3. 遵循法律程序：在签订补充协议或另签合同的过程中，双方需要遵循相关的法律程序和要求。例如，确保合同内容合法、合规，并按照规定的程序进行签订和备案等。

4. 考虑后续纠纷：在签订补充协议或另签合同时，双方需要考虑后续可能产生的纠纷，并在合同中约定相应的解决方式和条款。这有助于在纠纷发生时能够迅速、有效地解决问题。

在实际操作中，建议双方根据具体情况和实际需求进行选择，并在必要时咨询专业律师的意见。如果你有任何关于合同纠纷的法律问题，都可以直接向我咨询。