在水利工程监督中，若施工单位存在违规行为，处罚措施会依据违规的严重程度、性质以及相关法律法规来综合判定。以下是常见的处罚方式及法律依据：

1. 行政处罚：

   • 罚款：根据《中华人民共和国水法》《中华人民共和国防洪法》以及《水利工程建设质量管理规定》等法律法规，若施工单位存在未按照设计要求施工、偷工减料、使用不合格材料等行为，水利行政主管部门有权对其处以罚款。罚款金额会根据违规的严重程度和造成的后果来具体确定。
   • 责令停工整顿：对于存在严重质量安全隐患或违规行为的施工单位，水利行政主管部门可以责令其停工整顿，直至问题得到彻底解决并符合相关要求。
   • 降低资质等级或吊销资质证书：若施工单位多次违规或违规行为特别严重，水利行政主管部门有权降低其资质等级或吊销其资质证书，限制其参与水利工程建设的资格。

2. 民事责任：

   • 赔偿损失：若施工单位的违规行为导致水利工程出现质量问题或造成其他损失，建设单位或相关利益方有权要求施工单位承担赔偿责任，包括修复费用、经济损失等。

3. 刑事责任：

   • 追究刑事责任：在极端情况下，如施工单位的违规行为导致重大安全事故或造成严重后果，可能构成犯罪，依法应追究相关责任人员的刑事责任。

具体处罚流程通常包括：

• 调查取证：水利行政主管部门在发现施工单位存在违规行为后，会进行调查取证，收集相关证据材料。
• 立案审查：根据调查结果，水利行政主管部门会决定是否立案审查，并通知施工单位。
• 处罚决定：经审查确认施工单位存在违规行为后，水利行政主管部门会作出处罚决定，并书面通知施工单位。
• 执行与复议：施工单位应执行处罚决定，如对处罚决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。

在实际操作中，水利行政主管部门会综合考虑施工单位的违规情节、社会影响以及整改态度等因素，来决定具体的处罚措施。因此，建议施工单位在施工过程中严格遵守相关法律法规和设计要求，确保工程质量，避免违规行为的发生。如有任何法律疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。