若基本农田养殖设施已建成，需立即停止使用并主动整改，否则可能面临行政处罚甚至刑事责任。具体处理方向如下：

一、法律定性：基本农田禁止非农化利用

根据《基本农田保护条例》第十七条及《土地管理法》第三十七条，基本农田仅允许用于种植粮食、棉、油、糖、蔬菜等农作物，禁止占用基本农田发展林果业、挖塘养鱼或建设畜禽养殖设施。已建成的养殖设施属于违法用地行为，需承担法律责任。

二、处理步骤与法律后果

1. 立即停止使用并整改

   • 需在收到自然资源部门《责令停止违法行为通知书》后，立即停止养殖活动，拆除养殖设施并恢复土地原状。
     
   • 法律后果：若未整改，可能面临每平方米100-1000元的罚款（《土地管理法实施条例》第五十六条），且设施可能被强制拆除。

2. 申请调整土地规划（需符合条件）

   • 若养殖项目符合地方产业规划，可向县级自然资源部门申请将基本农田调整为一般耕地，但需满足以下条件：
     
     • 项目符合环保要求（如《畜禽规模养殖污染防治条例》）；
       
     • 取得农业农村部门备案；
       
     • 完成土地复垦方案编制。
       
   • 法律后果：调整规划需经省级政府批准，程序复杂且成功率低，建议优先整改。

3. 协商补偿或置换土地

   • 若养殖设施投资较大，可与当地政府协商，通过土地置换（用其他一般耕地置换基本农田）或补偿方式减少损失。
     
   • 法律后果：协商需以书面协议为准，口头承诺无效，且补偿标准需符合《土地管理法》第四十八条。

三、特殊情形处理

• 已办理设施农业用地备案：若养殖用地已按《自然资源部 农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》办理备案，但未变更土地性质，仍可能被认定为违法。需补充完善用地手续。
  
• 历史遗留问题：若养殖设施建于2019年《土地管理法》修订前，可依据地方政策申请补办手续，但需提供建设时间证明（如卫星影像、村委会证明）。

四、风险提示

• 行政处罚：逾期不整改的，可能被处以罚款并强制拆除，同时影响个人信用记录。
  
• 刑事责任：若占用基本农田面积超过5亩，或造成耕地种植条件严重毁坏的，可能涉嫌《刑法》第三百四十二条“非法占用农用地罪”，处五年以下有期徒刑或拘役。

建议：立即委托律师评估用地合法性，制定整改方案，并主动与自然资源部门沟通，争取从轻处理。如有进一步问题，可直接向我咨询具体操作流程。