核心前提：员工在结业时（即劳动合同因公司原因终止，如公司解散、业务调整等）选择继续留在公司工作，但后续又想主张经济补偿金。

结论前置：员工能否在结业时选择留任后又主张补偿金，需分情况讨论，具体如下：

1. 劳动合同终止时未主张补偿金，后续留任
   若公司在结业时（如因经营困难解散）依法终止劳动合同，并明确告知员工可获得经济补偿金，但员工选择放弃补偿并继续留任（如公司重组后新签合同），则原终止合同对应的补偿金权利通常视为放弃。根据《劳动合同法》第四十六条，经济补偿金需在劳动合同终止时主张，若员工以实际行动（如签订新合同）表明接受留任，则原终止补偿请求可能丧失法律支持。

2. 劳动合同终止后留任，但公司未依法支付补偿金
   若公司在终止劳动合同时未依法支付补偿金（如未通知、未计算或计算错误），员工在留任后仍有权通过劳动仲裁主张补偿金。根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议仲裁时效为1年，自员工知道或应当知道权利被侵害之日起计算。因此，即使员工留任，只要在时效期内，仍可追讨未支付的补偿金。

3. 留任后劳动合同再次解除
   若员工留任后与公司签订新合同，后续因公司原因（如裁员、违法解除）再次解除劳动合同，则新合同解除对应的补偿金需按新合同约定或法律规定主张，与原结业时的终止补偿无关。例如，新合同工作年限为2年，公司违法解除，员工可主张2个月工资的赔偿金（按《劳动合同法》第八十七条）。

建议：

• 若员工在结业时未明确放弃补偿金，建议留存公司终止合同的通知、补偿金计算依据等证据，以便后续主张；
  
• 若已留任且公司未支付补偿金，需在1年内申请劳动仲裁；
  
• 留任后新合同解除的补偿问题，需按新合同关系处理。
  

如有具体细节（如公司终止原因、留任协议内容等），可进一步向我咨询，我会结合证据为您分析。