结论：合同是否有效与补税时是否收取滞纳金，两者并无直接的法律关联，需分别依据合同法和税收相关法律法规进行判断。以下从合同效力及补税滞纳金两个角度进行详细分析：
一、合同效力问题
合同效力是合同对当事人产生的法律约束力，其有效性主要取决于合同是否满足以下条件：
- 当事人具备相应的民事行为能力：即合同双方需具备签订和履行合同所必需的法律资格和能力。
- 意思表示真实：合同内容需反映双方真实意愿，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 不违反法律、行政法规的强制性规定：合同内容需合法合规，不得违反国家法律法规的强制性规定。
- 不违背公序良俗：合同内容需符合社会公共利益和道德准则。
若合同满足上述条件，则通常被视为有效合同，对双方具有法律约束力。若合同存在瑕疵或无效情形，则可能引发合同纠纷，需通过法律途径解决。
二、补税时滞纳金问题
补税时是否收取滞纳金，主要取决于税收法律法规的规定以及纳税人的纳税行为。
滞纳金收取的法律依据：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条：“纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。”
滞纳金收取的条件：
- 纳税人或扣缴义务人存在未按照规定期限缴纳税款或解缴税款的行为。
- 税务机关已责令限期缴纳，但纳税人或扣缴义务人仍未在规定期限内缴纳。
滞纳金与合同效力的关系：
- 滞纳金是税收法律法规对纳税人或扣缴义务人未按时履行纳税义务的一种惩罚性措施，与合同效力无直接关联。
- 即使合同存在争议或无效情形，只要纳税人或扣缴义务人存在未按时缴纳税款的行为，税务机关仍有权依法收取滞纳金。
三、综合分析
若合同有效：
- 双方需按照合同约定履行各自义务，包括纳税义务。
- 若因一方原因导致未按时缴纳税款，税务机关将依法收取滞纳金，且该滞纳金与合同效力无关。
若合同存在争议或无效：
- 合同争议或无效可能影响双方的权利义务分配，但不影响税务机关对未按时缴纳税款行为的处理。
- 税务机关仍将依法对未按时缴纳税款的纳税人或扣缴义务人收取滞纳金。
建议：在处理合同纠纷时，若涉及纳税义务，建议双方及时咨询税务机关或专业律师，了解相关税收法律法规及纳税义务，以避免因未按时缴纳税款而产生滞纳金等不必要的法律后果。若您有具体的合同纠纷或税收问题，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。