结论：工程款没有通过领导私自开票这一行为，是否可以报警需视具体情况而定，一般而言，若该行为涉嫌违法犯罪，则可以报警；若仅为内部管理问题，则报警可能并非最佳解决途径。以下从不同角度进行分析：
一、涉嫌违法犯罪的情况
涉嫌虚开发票罪：
- 法律背景：根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一的规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，情节严重的，构成虚开发票罪。若私自开票行为涉及虚开上述发票，且情节严重，则可能触犯该罪名。
- 法律建议：若怀疑该行为涉嫌虚开发票罪，可以向公安机关报案，由公安机关依法进行调查处理。
涉嫌职务侵占罪或挪用资金罪：
- 法律背景：若私自开票行为是为了非法占有工程款或挪用工程款归个人使用，且数额较大，可能构成职务侵占罪或挪用资金罪。具体取决于行为人的身份（如是否为公司、企业或其他单位的工作人员）以及行为的具体性质。
- 法律建议：若怀疑该行为涉嫌职务侵占罪或挪用资金罪，同样可以向公安机关报案，并提供相关证据材料，以便公安机关进行调查。
二、内部管理问题的情况
内部财务管理制度违规：
- 法律背景：若私自开票行为仅违反了公司内部的财务管理制度，如未经领导审批擅自开票，但并未涉及违法犯罪，则该行为主要属于公司内部管理问题。
- 法律建议：在这种情况下，报警可能并非最佳解决途径。建议首先通过公司内部的投诉、举报机制或向上级领导反映情况，寻求内部解决。若内部解决无果，可以考虑通过法律途径（如提起民事诉讼）来维护公司权益，但需注意，这通常是在涉及经济损失且无法通过其他途径挽回时才考虑的措施。
合同纠纷或民事争议：
- 法律背景：若私自开票行为引发了与合作伙伴、客户之间的合同纠纷或民事争议，如对方拒绝支付工程款或要求赔偿等，则该问题主要属于民事法律关系范畴。
- 法律建议：在这种情况下，应首先尝试通过协商、调解等非诉讼方式解决争议。若协商、调解无果，可以考虑通过仲裁或诉讼等法律途径来维护自身权益。但同样需要注意，报警通常不是解决此类民事争议的直接途径。
进一步思考：在处理工程款没有通过领导私自开票的问题时，除了考虑是否报警外，还应关注该行为可能带来的法律后果和风险。例如，若该行为涉嫌违法犯罪，不仅可能面临刑事处罚，还可能对公司声誉和业务发展造成严重影响。因此，建议公司在发现此类行为时，及时采取措施进行调查和处理，以维护公司利益和法律秩序。
最后，若您在处理此类问题时遇到任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。