结论：未取得契税发票但已办理房屋过户手续，在法律上存在一定风险，但并非绝对不合法，需结合具体情况判断。

1. 契税发票的法律意义
   契税发票是房屋交易中证明已缴纳契税的法定凭证，根据《中华人民共和国契税法》第十一条，纳税人完成契税缴纳后，税务机关应开具契税完税凭证。该凭证是办理房屋产权过户的必要材料之一，但法律并未明确规定“未取得契税发票”直接导致过户无效，而是强调“已缴纳契税”这一实质要件。

2. 未取得发票但已过户的合法性分析

   • 若契税已实际缴纳：
     若卖方已通过税务机关完成契税缴纳，但因流程延迟（如税务系统问题、材料补交等）未及时取得发票，而买卖双方在过户时提交了完税证明（如税务机关出具的电子完税信息、缴税凭证等），则过户行为具有合法性。此时，发票的缺失属于程序瑕疵，可通过后续补办解决。
   • 若契税未缴纳：
     若卖方未实际缴纳契税，仅通过伪造材料或利用漏洞完成过户，则构成违法行为。根据《税收征收管理法》第六十四条，纳税人欠缴税款的，税务机关可追缴税款、滞纳金，并处欠缴税款50%至5倍的罚款；若涉及虚假申报，还可能构成逃税罪，需承担刑事责任。

3. 贷款未结清对过户的影响
   房屋存在贷款未结清时，过户需满足以下条件之一：

   • 结清贷款：卖方提前还清贷款，解除抵押登记后办理过户；
     
   • 转按揭：买卖双方与银行协商，将剩余贷款转移至买方名下；
     
   • 担保过户：通过第三方担保公司垫资解押，完成过户后再由买方重新贷款。
     若未通过上述合法途径解除抵押，直接办理过户可能因房屋权属受限（抵押权未消灭）导致合同无效或无法履行，买方可能面临钱房两空的风险。

4. 实务建议

   • 卖方：务必确认契税已缴纳并取得发票（或完税证明），同时结清贷款或协商转按揭，避免因程序瑕疵引发纠纷。
     
   • 买方：在签约前核查房屋权属（是否抵押、查封）、税费缴纳情况，并在合同中明确约定卖方配合提供完税材料的义务及违约责任。
     
   • 共同风险点：若过户后发现卖方未缴税，税务机关可能向现产权人（买方）追缴税款，买方需通过法律途径向卖方追偿。

总结：未取得契税发票但已过户是否合法，需以“契税是否实际缴纳”为核心判断标准。若已缴纳但发票延迟，可通过补办解决；若未缴纳，则过户行为违法。同时，贷款未结清需通过合法途径解除抵押，否则过户可能无效。建议买卖双方在交易前委托专业律师核查材料、设计合同条款，降低风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。