实习基本工资的三倍作为违约金是否合法，需分情况讨论：
若实习协议或劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定：
- 在实习或劳动关系中，双方有权在平等、自愿的基础上，就实习期间的工资、福利待遇以及违约责任等事项进行约定。若实习协议或劳动合同中明确规定了实习基本工资的三倍作为违约金，且该约定没有违反《劳动合同法》等相关法律法规的强制性规定（如未超出合理范围、未损害劳动者合法权益等），则该约定在法律上是有效的。
- 法律依据：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以约定违约金，但违约金的数额应当合理，且不得违反法律法规的强制性规定。在实习关系中，虽然实习协议可能不完全等同于劳动合同，但双方约定的违约金条款同样应遵循公平、合理的原则。
若实习协议或劳动合同中未明确约定，或约定违反法律法规的强制性规定：
- 如果实习协议或劳动合同中没有明确约定违约金，或者约定的违约金数额过高、显失公平，或者违反了法律法规的强制性规定（如限制了劳动者的就业自由、损害了劳动者的合法权益等），则该违约金条款可能被认定为无效。
- 法律后果：在这种情况下，如果实习生或劳动者违反了实习协议或劳动合同的约定，用人单位可能无法要求其支付高额的违约金。相反，用人单位可能需要通过其他合法途径来维护自己的权益，如要求实习生或劳动者承担因违约造成的实际损失等。
额外建议：
- 对于实习生：在签订实习协议前，应仔细阅读协议条款，特别是关于违约金的约定。如果认为违约金数额过高或不合理，可以与用人单位进行协商，争取达成更合理的约定。
- 对于用人单位：在制定实习协议或劳动合同时，应确保违约金条款的合法性和合理性。避免设置过高的违约金数额，以免引发不必要的法律纠纷。同时，用人单位也应加强内部管理，通过完善规章制度、加强培训等方式来降低实习生或劳动者的违约风险。
总结：实习基本工资的三倍作为违约金是否合法，取决于实习协议或劳动合同中的约定以及该约定是否违反法律法规的强制性规定。在签订实习协议或劳动合同时，双方应充分协商、明确约定，并确保约定的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。