农药厂建在村水井旁边是否违法，需结合具体情况判断，但通常可能涉及违法情形。以下从不同角度为您详细分析：
一、从土地使用性质与规划角度
土地用途管制：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，土地用途需严格遵循规划，不得随意改变。若农药厂所占用的土地原规划并非工业用地，或未依法办理土地用途变更手续，则其建设行为可能违法。
- 特别是若该土地紧邻村水井，且原规划为农业用地、居住用地或公共设施用地等，农药厂的建设很可能违反土地用途管制原则。
规划许可：
- 农药厂的建设需依法取得规划许可，包括建设用地规划许可证和建设工程规划许可证。若未取得相关许可，或许可内容与实际建设情况不符，则建设行为违法。
- 规划部门在审批时，会考虑项目对周边环境、居民生活的影响。若农药厂建在村水井旁边，可能因对水源造成潜在威胁而未获规划许可。
二、从环境保护角度
环境影响评价：
- 根据《中华人民共和国环境影响评价法》，农药厂作为可能对环境产生重大影响的项目，需依法进行环境影响评价，并报经生态环境主管部门审批。
- 若农药厂未依法进行环境影响评价，或评价结果显示项目可能对村水井等水源造成污染而未采取有效措施，则其建设行为可能违法。
环境保护距离：
- 农药厂在建设时，需与周边敏感点（如居民区、学校、医院、水源地等）保持一定的环境保护距离，以减少对周边环境的影响。
- 若农药厂建在村水井旁边，且未达到规定的保护距离，则可能违反环境保护相关规定。
三、从水源保护角度
水源保护区划定：
- 根据《中华人民共和国水污染防治法》及相关规定，国家对饮用水水源保护区进行划定，并实施严格保护。
- 若村水井被划定为饮用水水源保护区，农药厂的建设需严格遵守保护区内的相关规定，如禁止建设可能污染水源的项目等。
水源保护措施：
- 农药厂在建设时，需采取有效措施防止对水源造成污染，如建设污水处理设施、设置防渗层等。
- 若农药厂未采取必要的水源保护措施，或措施不到位导致水源受到污染，则可能承担法律责任。
四、法律建议与后续行动
核实土地与规划情况：
- 建议村民或相关方核实农药厂所占土地的性质、用途及规划许可情况，以判断其建设是否合法。
关注环境影响与水源保护：
- 关注农药厂的建设是否依法进行了环境影响评价，并采取了必要的水源保护措施。若发现违法情形，可及时向生态环境主管部门举报。
寻求法律救济：
- 若农药厂的建设确实违法，且对村水井等水源造成了污染或潜在威胁，村民或相关方可依法寻求法律救济，如提起行政诉讼或民事诉讼等。
综上所述，农药厂建在村水井旁边是否违法需结合具体情况判断。若涉及土地用途管制、规划许可、环境保护或水源保护等方面的违法情形，则可能面临法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。