侵占他人机井并违法办理取水证的行为，涉及行政违法和可能的刑事犯罪，需通过行政投诉、行政复议、行政诉讼或刑事报案等途径解决。具体处理方式需结合行为性质、证据情况及法律程序综合判断，以下是详细分析：

1. 行政投诉与行政复议：纠正违法取水证

• 法律依据：根据《中华人民共和国水法》第四十八条，取水需申请取水许可证，并由水行政主管部门审批。若取水证系通过伪造材料、冒用身份等违法手段取得，属于“骗取取水许可”行为，违反《水法》第六十九条，可由水行政主管部门责令停止违法行为，限期采取补救措施，处二万元以上十万元以下罚款；情节严重的，吊销取水许可证。
• 操作步骤：
  1. 收集证据：证明机井所有权归属（如土地使用权证、机井建设合同、历史使用记录等），以及对方违法办证的证据（如伪造的申请材料、冒用签名等）。
  2. 向水行政主管部门投诉：提交书面投诉材料，要求撤销违法取水证。
  3. 申请行政复议：若投诉未获处理或对处理结果不满，可在60日内向上一级水行政主管部门或同级人民政府申请行政复议。

2. 行政诉讼：通过司法程序确认违法

• 适用情形：若行政复议未解决争议，或认为水行政主管部门不作为、乱作为，可向法院提起行政诉讼，要求撤销违法取水证。
• 关键点：需在知道或应当知道行政行为之日起6个月内起诉，并提供充分证据证明取水证违法。

3. 刑事报案：追究侵占与诈骗责任

• 可能涉及的犯罪：
  • 侵占罪：若机井系他人所有，非法占有且拒不返还，可能构成《刑法》第二百七十条规定的侵占罪（需达到“数额较大”标准，通常为1万元以上）。
  • 诈骗罪：若通过伪造材料、冒用身份等手段骗取取水证，并以此非法获利，可能构成《刑法》第二百六十六条规定的诈骗罪（需达到“数额较大”标准，通常为3000元至1万元以上）。
• 操作建议：向公安机关经侦部门报案，提交机井所有权证明、对方违法办证证据及损失证明（如因机井被占用导致的经济损失）。

4. 民事索赔：要求赔偿损失

• 法律依据：根据《民法典》第二百三十八条，侵害物权造成权利人损害的，权利人可依法请求损害赔偿。
• 赔偿范围：包括机井被占用期间的损失（如灌溉收益减少）、恢复机井原状的费用等。
• 操作步骤：向法院提起民事诉讼，要求对方停止侵害、返还机井并赔偿损失。

5. 综合建议

• 优先行政途径：因取水证系行政许可，行政投诉和复议是直接、高效的解决方式。
• 同步固定证据：在行政程序进行中，同步收集刑事和民事证据，为后续诉讼做准备。
• 咨询专业律师：虽不直接推荐咨询，但您可向我提供具体证据和案件细节，我将结合法律条文和实务经验，为您制定详细维权方案。

提示：法律程序具有时效性，建议尽快行动，避免因拖延导致证据灭失或权利丧失。如有进一步问题，可直接向我提供案件细节，我将为您深入分析。