欠条上写的是工程款，原告起诉时并不一定就是基于合作协议。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 欠条与合同的关系

• 欠条本身是一种债权债务关系的凭证，它证明了债务人欠债权人一定数额的款项。在建设工程领域，欠条可能用于证明工程款的拖欠。
• 合作协议则是双方或多方就合作事项达成的书面协议，它规定了合作各方的权利、义务和责任。
• 欠条与合作协议是两种不同的法律文件，它们各自独立存在，具有不同的法律效力。欠条的存在并不直接等同于合作协议的存在，也不意味着原告起诉时必须基于合作协议。

2. 原告起诉的依据

• 原告起诉时，可以基于多种依据，包括但不限于合同、欠条、发票、结算单等。
• 如果欠条上明确写明了工程款，并且原告能够证明该欠条是由被告出具且真实有效，那么原告可以仅凭欠条就提起诉讼，要求被告支付拖欠的工程款。
• 在这种情况下，原告并不需要依赖合作协议来起诉。当然，如果合作协议中也对工程款有约定，并且该约定与欠条内容相符，那么合作协议可以作为辅助证据来支持原告的诉求。

3. 可能的法律后果

• 如果原告仅凭欠条起诉，并且能够提供充分的证据证明欠条的真实性和合法性，那么法院可能会支持原告的诉求，判决被告支付拖欠的工程款。
• 如果被告对欠条的真实性或合法性提出异议，并且能够提供相反的证据来反驳原告的诉求，那么法院可能会根据双方提供的证据来作出判决。
• 在某些情况下，如果合作协议与欠条之间存在矛盾或不一致之处，法院可能会要求双方提供更多的证据来澄清事实，并据此作出判决。

4. 建议

• 对于原告而言，在起诉前应该仔细审查欠条和相关证据，确保它们能够充分支持自己的诉求。
• 如果可能的话，原告还可以考虑收集其他与案件相关的证据，如合作协议、发票、结算单等，以增强自己的证据链。
• 对于被告而言，如果收到原告的起诉状后认为欠条不真实或存在其他问题，应该及时提出异议并提供相反的证据来反驳原告的诉求。

总结：欠条上写的是工程款，并不意味着原告起诉时就必须基于合作协议。原告可以仅凭欠条就提起诉讼，要求被告支付拖欠的工程款。当然，在实际操作中，原告可能会根据案件的具体情况来选择是否提供合作协议等其他证据来支持自己的诉求。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。